Пакет: toppred (1.10-10)

[ Источник: toppred  ]

transmembrane topology prediction

Toppred is a program to determine the topology of a transmembrane protein based on G. von Heijne algorithm.

Each sequence from seq data in fasta format is processed, and toppred generate the Hydrophobycity profile of the sequence, and the corresponding hydrophobycities values in the file sequence-ID.hydro.

Furthermore, the predicted topologies are represented as png images. Each topology is stored in file sequence-ID-number.png

The hydrophobicity profile is computed using a window formed by a core rectangular window of size n, flanked by 2 triangular windows of size q. NB rectangular and triangular mean that the ponderation values inside those windows are respectively constant and variable.

This program is a new implementation of the original toppred program, based on G. von Heijne algorithm

Другие пакеты, относящиеся к toppred

• dep: libc6 (>= 2.34)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgd3 (>= 2.1.0~alpha~)

  графическая библиотека GD

Загрузка toppred

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	43,4 Кб	213,0 Кб	[список файлов]
arm64	41,6 Кб	228,0 Кб	[список файлов]
armel	42,8 Кб	228,0 Кб	[список файлов]
armhf	40,4 Кб	228,0 Кб	[список файлов]
i386	44,2 Кб	212,0 Кб	[список файлов]
mips64el	42,9 Кб	232,0 Кб	[список файлов]
mipsel	42,7 Кб	230,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	45,7 Кб	229,0 Кб	[список файлов]
s390x	41,4 Кб	208,0 Кб	[список файлов]