Package: rna-star (2.7.10b+dfsg-2 and others)

[ Source: rna-star  ]

allineatore universale e ultraveloce di sequenziamento di RNA

Software STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference) basato su un algoritmo di allineamento per RNA-seq mai descritto prima, che usa la ricerca di seed mappabili sequenziali massimi in array di suffissi non compressi seguita da raggruppamento in cluster dei seed e procedure di cucitura. STAR supera in prestazioni altri strumenti di allineamento di un fattore maggiore di 50 in velocità di mappatura, facendo l'allineamento con il genoma umano di 550 milioni di letture a terminali accoppiati 2 x 76 pb all'ora su un modesto server con 12 core, al contempo migliorando la sensibilità e la precisione dell'allineamento. In aggiunta a rilevazioni de novo senza bias di giunzioni canoniche, STAR può anche scoprire trascritti chimerici (fusione) e splice non canonici, ed è anche in grado di mappare sequenze di RNA a sequenza intera. Usando il sequenziamento Roche 454 di ampliconi PCR di trascrizione inversa, gli autori hanno validato sperimentalmente 1960 nuove giunzioni di splice intergeniche con un tasso di successo dell'80-90%, confermando l'elevata precisione della strategia di mappatura di STAR.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Role: Program, Purpose: use::analysing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to rna-star

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Libreria C GNU: librerie condivise
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.3.1) [not ppc64el]

  libreria di supporto a GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  libreria di supporto GOMP (GCC OpenMP)

• dep: libhts3 (>= 1.10)

  libreria C per formati di dati di sequenziamento ad alte prestazioni

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  libreria GNU Standard C++, versione 3

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Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.7.10b+dfsg-2+b2	3,366.2 kB	21,813.0 kB	[list of files]
arm64	2.7.10b+dfsg-2+b2	687.6 kB	2,567.0 kB	[list of files]
mips64el	2.7.10b+dfsg-2+b2	671.8 kB	3,133.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.7.10b+dfsg-2+b2	748.8 kB	3,079.0 kB	[list of files]