Paquet : parsnp (2.1.3+dfsg-1)

[ Paquet source : parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: harvest-tools

  archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

• dep: libc6 (>= 2.38)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 14)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-numpy

  bibliothèque de Python pour des calculs numériques – Python 3

• dep: python3-pyspoa

  Python bindings to spoa

• dep: python3-tqdm

  fast, extensible progress bar for Python 3 and CLI tool

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• dep: time

  programme GNU time pour mesurer l'utilisation des ressources CPU

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Télécharger parsnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	209,3 ko	1 959,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	196,0 ko	1 947,0 ko	[liste des fichiers]
armel	190,5 ko	1 946,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	187,1 ko	1 882,0 ko	[liste des fichiers]
i386	205,7 ko	1 950,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	205,3 ko	2 020,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	216,2 ko	2 011,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	214,3 ko	1 871,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	188,2 ko	1 951,0 ko	[liste des fichiers]