Paquet : parsnp (1.7.4+dfsg-2)

[ Paquet source : parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Autres paquets associés à parsnp

• dep: fasttree

  arbres phylogénétiques à partir d'alignements de nucléotides ou des séquences de protéines

• dep: harvest-tools

  archivage et post-traitement d’alignements multiples génomiques « reference-compressed »

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: mummer

  Alignement de séquence efficace de génomes complets

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-biopython

  bibliothèque de Python 3 pour la bio-informatique

• dep: python3-numpy

  gestion rapide des tableaux avec le langage Python 3

• dep: raxml

  ressemblance maximale accélérée aléatoire d'arbres phylogénétiques

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Télécharger parsnp

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	191,3 ko	1 920,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	181,8 ko	1 920,0 ko	[liste des fichiers]
armel	175,5 ko	1 919,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	171,7 ko	1 855,0 ko	[liste des fichiers]
i386	194,3 ko	1 931,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	193,9 ko	1 994,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	193,6 ko	1 992,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	205,6 ko	1 984,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	175,4 ko	1 920,0 ko	[liste des fichiers]