Pacote: bowtie (1.3.1-3 e outros)

[ Fonte: bowtie  ]

Ultrafast memory-efficient short read aligner

This package addresses the problem to interpret the results from the latest (2010) DNA sequencing technologies. Those will yield fairly short stretches and those cannot be interpreted directly. It is the challenge for tools like Bowtie to give a chromosomal location to the short stretches of DNA sequenced per run.

Bowtie aligns short DNA sequences (reads) to the human genome at a rate of over 25 million 35-bp reads per hour. Bowtie indexes the genome with a Burrows-Wheeler index to keep its memory footprint small: typically about 2.2 GB for the human genome (2.9 GB for paired-end).

Etiquetas: Campo: Biologia, Bioinformática, Implementado em: implemented-in::c++, interface::commandline, Função: Programa, Ciência: science::calculation, scope::utility, Propósito: Análise, use::comparing, works-with::biological-sequence

Outros pacotes relacionados a bowtie

• dep: libc6 (>= 2.34) [não arm64]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não riscv64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não arm64]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• sug: bowtie-examples

  Examples for bowtie, the ultrafast memory-efficient short read aligner

Download de bowtie

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
amd64	1.3.1-3	1,588.9 kB	6,845.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.3.1-3+b1	1,305.9 kB	6,738.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.3.1-3	1,050.6 kB	8,129.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.3.1-3	1,370.8 kB	7,889.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.3.1-3	1,510.0 kB	5,365.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	1.3.1-3	1,530.6 kB	6,969.0 kB	[lista de arquivos]