Package: bowtie (1.3.1-3 and others)

Links for bowtie

Debian Resources:

Download Source Package bowtie:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Steffen Moeller (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Ognyan Kulev (QA Page)
Stephan Struckmann (QA Page)
Alexandre Mestiashvili (QA Page)

External Resources:

Homepage [bowtie-bio.sourceforge.net]

Similar packages:

Ultrahurtig og hukommelseseffektiv short read-sammenligner

Denne pakke adresserer problemet med at fortolke resultaterne fra de seneste (2010) DNA-sekvensteknologier. Disse vil resultere i ret så korte stræk og disse kan ikke fortolkes direkte. Det er udfordringen for værktøjer såsom Bowtie at give en kromosonplacering til korte stræk af DNA sekventeret per kørsel.

Bowtie sammenligner korte DNA-sekvenser (læsninger) for den menneskelige arvemasse med en hastighed på mere end 25 millioner 35-bp læsninger per time. Bowtie indekserer arvemassen med et Burrows-Wheeler-indeks for at holde hukommelsesaftrykket lavt: Typisk omkring 2,2 GB for den menneskelige arvemasse (2,9 GB for paired-end).

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Science: science::calculation, scope::utility, Purpose: Analysing, use::comparing, works-with::biological-sequence

Other Packages Related to bowtie

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libc6 (>= 2.34) [not arm64]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.38) [arm64]
dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not riscv64]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]
dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64]

GNU Standard C++ bibliotek v3

dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]
dep: python3

Interaktivt objektorienteret højniveausprog - standardversion af Python 3
dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

Komprimeringsbibliotek - kørselstid

sug: bowtie-examples

Eksempler for bowtie - den ultrahurtige og hukommelseseffektive short read-sammenligner

Download bowtie

Download for all available architectures
Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.3.1-3	1,588.9 kB	6,845.0 kB	[list of files]
arm64	1.3.1-3+b1	1,305.9 kB	6,738.0 kB	[list of files]
mips64el	1.3.1-3	1,050.6 kB	8,129.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.3.1-3	1,370.8 kB	7,889.0 kB	[list of files]
riscv64	1.3.1-3	1,510.0 kB	5,365.0 kB	[list of files]
s390x	1.3.1-3	1,530.6 kB	6,969.0 kB	[list of files]