Paquet : r-cran-bio3d (2.4-5-1 et autres)

[ Paquet source : r-cran-bio3d  ]

paquet GNU R pour l'analyse de structures biologiques

Le paquet bio3d contient des outils pour traiter, organiser et explorer les données de structure, de séquence et de dynamique des protéines. Ils peuvent lire et écrire ces données, effectuer des sélections d'atomes, des ré-orientations, des superpositions, de l'identification de régions rigides (« rigid core identification »), de l'agglomération (« clustering »), de l'analyse de torsion, de l'analyse matricielle de distances, de l'analyse de structure et de conservation de séquence et l'analyse du composant principal (PCA : principal component analysis). En plus de cela, des fonctions utilitaires sont fournies pour permettre à la puissance graphique de l'environnement R de travailler avec des données de séquencement et de structuration biologiques.

Autres paquets associés à r-cran-bio3d

• dep: libc6 (>= 2.38) [non alpha, ia64, loong64, sh4]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.35) [ia64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.38) [alpha]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non armel, armhf, hppa, ia64, m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [m68k]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non ia64, m68k]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [ia64]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 4.2.1-3) [ia64]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4) [non armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

  Bibliothèque de compression - binaires

  dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3) [armel, armhf, hppa, m68k, sh4]

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: dssp

  assignation de la structure secondaire de la protéine basée sur la structure en 3D

• rec: muscle

  programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: mustang

  alignement structurel multiple de protéines

• rec: r-bioc-biostrings [non armel, armhf, i386, ia64]

  GNU R string objects representing biological sequences

• rec: r-cran-bigmemory [non ia64]

  Manage Massive Matrices with Shared Memory and Memory-Mapped Files

• rec: r-cran-httr [non ia64]

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• rec: r-cran-igraph [non ia64]

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• rec: r-cran-knitr [non ia64]

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• rec: r-cran-lattice [non ia64]

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• rec: r-cran-ncdf4 [non ia64]

  GNU R interface to Unidata netCDF format data files

• rec: r-cran-rcurl [non ia64]

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• rec: r-cran-rmarkdown [non ia64]

  convert R markdown documents into a variety of formats

• rec: r-cran-testthat (>= 0.9.1)

  GNU R testsuite

• rec: r-cran-xml [non ia64]

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

• sug: r-bioc-biostrings

  GNU R string objects representing biological sequences

• sug: r-cran-bigmemory

  Manage Massive Matrices with Shared Memory and Memory-Mapped Files

• sug: r-cran-httr

  GNU R tools for working with URLs and HTTP

• sug: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-lattice

  paquet GNU R pour les graphes « Trellis »

• sug: r-cran-ncdf4

  GNU R interface to Unidata netCDF format data files

• sug: r-cran-rcurl

  GNU R General network (HTTP/FTP/...) client interface

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-xml

  paquet de GNU R pour la génération et analyse d’XML

Télécharger r-cran-bio3d

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2.4-5-1	2 911,4 ko	3 998,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2.4-5-1	2 910,9 ko	3 980,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2.4-5-1	2 903,8 ko	4 000,0 ko	[liste des fichiers]
armel	2.4-5-1	2 899,7 ko	3 935,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	2.4-5-1	2 904,7 ko	3 935,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	2.4-5-1+b1	2 906,9 ko	3 977,0 ko	[liste des fichiers]
i386	2.4-5-1	2 923,6 ko	3 979,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	2.4-4-1	2 900,0 ko	4 187,0 ko	[liste des fichiers]
loong64 (portage non officiel)	2.4-5-1	2 904,4 ko	3 998,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	2.4-5-1	2 908,8 ko	3 941,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2.4-5-1	2 896,6 ko	4 014,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2.4-5-1	2 905,6 ko	4 068,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2.4-5-1	2 906,4 ko	4 000,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2.4-5-1	2 914,0 ko	3 924,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2.4-5-1	2 915,8 ko	3 976,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	2.4-5-1	2 928,3 ko	3 997,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	2.4-5-1	2 896,6 ko	4 774,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	2.4-5-1	2 913,9 ko	3 953,0 ko	[liste des fichiers]