Paquet : r-bioc-scran (1.34.0+dfsg-3 et autres)

[ Paquet source : r-bioc-scran  ]

méthodes de BioConductor pour l’analyse de données de séquençage d’ARN de cellule unique

Implements functions for low-level analyses of single-cell RNA-seq data. Methods are provided for normalization of cell-specific biases, assignment of cell cycle phase, detection of highly variable and significantly correlated genes, identification of marker genes, and other common tasks in routine single-cell analysis workflows.

Autres paquets associés à r-bioc-scran

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [non alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, hppa, ia64, riscv64, sh4, sparc64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: liblapack3

  bibliothèque de routines algébriques version⋅3 –⋅version partagée

  ou liblapack.so.3

  paquet virtuel fourni par libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 11) [x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [hppa, ia64, sh4]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [non hppa, ia64, sh4, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-4.0

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-api-bioc-3.16 [x32]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.18 [hppa, ia64, sh4]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-bioc-3.20 [non hppa, ia64, sh4, x32]

  paquet virtuel fourni par r-bioc-biocgenerics

• dep: r-base-core (>= 4.2.2.20221110-2) [x32]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

• dep: r-bioc-beachmat

  E/S pour plusieurs formats de stockage de données de matrice

• dep: r-bioc-biocgenerics

  generic functions for Bioconductor

• dep: r-bioc-biocparallel

  BioConductor facilities for parallel evaluation

• dep: r-bioc-biocsingular

  décomposition en valeurs singulières pour les paquets de Bioconductor

• dep: r-bioc-bluster

  Clustering Algorithms for Bioconductor

• dep: r-bioc-delayedarray

  BioConductor delayed operations on array-like objects

• dep: r-bioc-delayedmatrixstats [hppa, ia64, sh4, x32]

  fonctions pour les lignes et les colonnes des objets « DelayedMatrix »

• dep: r-bioc-edger

  analyse empirique de données numériques d’expressions de gène avec R

• dep: r-bioc-limma

  modèles linéaires pour des données de biopuce (microarray)

• dep: r-bioc-matrixgenerics [non hppa, ia64, sh4, x32]

  S4 Generic Summary Statistic Functions that Operate on Matrix-Like Objects

• dep: r-bioc-metapod

  méta-analyse avec GNU R de valeurs-p d’analyses différentielles

• dep: r-bioc-s4arrays [non hppa, ia64, sh4, x32]

  foundation of array-like containers in Bioconductor

• dep: r-bioc-s4vectors

  BioConductor S4 implementation of vectors and lists

• dep: r-bioc-scuttle

  BioConductor single-cell RNA-Seq analysis utilities

• dep: r-bioc-singlecellexperiment

  S4 Classes for Single Cell Data

• dep: r-bioc-summarizedexperiment

  BioConductor assay container

• dep: r-cran-bh

  paquet (virtuel) de GNU R pour fournir BH

• dep: r-cran-dqrng

  GNU R fast pseudo random number generators

• dep: r-cran-igraph

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-matrix

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-rcpp

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-statmod

  GNU R package providing algorithms and functions for statistical modeling

• sug: r-bioc-biobase [hppa, ia64, sh4, x32]

  fonctions de base pour Bioconductor

• sug: r-bioc-biocstyle

  standard styles for vignettes and other Bioconductor documents

• sug: r-bioc-delayedmatrixstats [non hppa, ia64, sh4, x32]

  fonctions pour les lignes et les colonnes des objets « DelayedMatrix »

• sug: r-bioc-deseq2

  R package for RNA-Seq Differential Expression Analysis

• sug: r-bioc-hdf5array

  HDF5 backend for DelayedArray objects

• sug: r-bioc-monocle [hppa, ia64, sh4, x32]

  clustering, differential expression, and trajectory analysis for RNA-Seq

• sug: r-bioc-residualmatrix

  Creating a DelayedMatrix of Regression Residuals

• sug: r-bioc-scaledmatrix

  creating a DelayedMatrix of scaled and centered values using GNU R

• sug: r-bioc-scater

  Single-Cell Analysis Toolkit for Gene Expression Data in R

• sug: r-bioc-scrnaseq

  Collection of Public Single-Cell RNA-Seq Datasets

• sug: r-cran-dynamictreecut

  méthodes pour la détection de regroupements pour le regroupement hiérarchique

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-pheatmap

  GNU R package to create pretty heatmaps

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-bioc-scran

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.34.0+dfsg-3	983,0 ko	1 492,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.34.0+dfsg-3	993,6 ko	1 409,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.34.0+dfsg-3	976,9 ko	1 429,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.30.2+dfsg-1	968,1 ko	1 429,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.30.2+dfsg-1	985,8 ko	1 683,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.34.0+dfsg-3	975,3 ko	1 533,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.34.0+dfsg-3	990,5 ko	1 561,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.34.0+dfsg-3	989,6 ko	1 493,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.34.0+dfsg-3	990,6 ko	1 336,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.34.0+dfsg-3	994,9 ko	1 436,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.30.2+dfsg-1	987,2 ko	1 410,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.34.0+dfsg-3	968,5 ko	2 076,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.26.2+dfsg-1	964,7 ko	1 342,0 ko	[liste des fichiers]