Paquet : r-cran-alakazam (1.3.0-2~0exp0)

[ Paquet source : r-cran-alakazam  ]

Paquet « expérimental »

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lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Autres paquets associés à r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.11) [mips64el, ppc64, s390x]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [non alpha, riscv64]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64]

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non alpha]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [alpha]

• dep: r-api-4.0

  Paquet indisponible

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.72.1)

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.40.0)

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.38.1)

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-cran-airr (>= 1.4.1)

  GNU R AIRR data representation reference library

• dep: r-cran-ape

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 1.0)

  GNU R grammar of data manipulation

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0)

  implementation of the Grammar of Graphics

• dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0)

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

• dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0)

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

• dep: r-cran-progress

  barres de progression pour terminaux pour GNU R

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12)

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-readr

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-scales

  Scale functions for visualization

• dep: r-cran-seqinr

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• dep: r-cran-stringi

  utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R

• dep: r-cran-tibble

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0)

  GNU R package to easily tidy data

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-cran-alakazam

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	2 359,7 ko	2 914,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	2 364,9 ko	2 851,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	2 359,3 ko	2 851,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	2 358,1 ko	2 921,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	2 363,5 ko	2 917,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	2 364,3 ko	2 915,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	2 365,1 ko	2 826,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	2 363,2 ko	2 847,0 ko	[liste des fichiers]