Paquet : r-cran-alakazam (1.3.0-1 et autres)

[ Paquet source : r-cran-alakazam  ]

lignage clonal d’immunoglobuline et analyse de diversité

Alakazam is part of the Immcantation analysis framework for Adaptive Immune Receptor Repertoire sequencing (AIRR-seq) and provides a set of tools to investigate lymphocyte receptor clonal lineages, diversity, gene usage, and other repertoire level properties, with a focus on high-throughput immunoglobulin (Ig) sequencing.

Alakazam serves five main purposes:

 * Providing core functionality for other R packages in the Immcantation
   framework. This includes common tasks such as file I/O, basic DNA
   sequence manipulation, and interacting with V(D)J segment and gene
   annotations.
 * Providing an R interface for interacting with the output of the
   pRESTO and Change-O tool suites.
 * Performing lineage reconstruction on clonal populations of Ig
   sequences and analyzing the topology of the resultant lineage trees.
 * Performing clonal abundance and diversity analysis on lymphocyte
   repertoires.
 * Performing physicochemical property analyses of lymphocyte receptor
   sequences.

Autres paquets associés à r-cran-alakazam

• dep: libc6 (>= 2.11) [mips64el, ppc64, s390x]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  dep: libc6 (>= 2.16) [x32]

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.2) [hppa]

  dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.4) [m68k, sparc64]

• dep: libc6.1 (>= 2.11) [alpha]

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgcc2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [non arm64, m68k, sparc64, x32]

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64]

  dep: libstdc++6 (>= 5.2) [m68k, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  bibliothèque pour déterminer la chaîne d'appel d'un programme –⋅exécutable

• dep: r-api-3.5 [m68k]

  Paquet indisponible

• dep: r-api-4.0 [non m68k]

  paquet virtuel fourni par r-base-core

• dep: r-base-core (>= 3.6.1-2) [m68k]

  noyau de GNU R, un système de calculs statistiques et de graphiques

  dep: r-base-core (>= 4.0.2-1) [sparc64]

  dep: r-base-core (>= 4.2.1-2) [x32]

• dep: r-bioc-biostrings (>= 2.56.0) [non m68k, sparc64]

  GNU R string objects representing biological sequences

• dep: r-bioc-genomicalignments (>= 1.24.0) [non m68k, sparc64]

  BioConductor representation and manipulation of short genomic alignments

• dep: r-bioc-iranges (>= 2.22.2) [non m68k, sparc64]

  conteneurs de bas niveau de GNU R de stockage de plages d’entiers

• dep: r-cran-airr (>= 1.3) [x32]

  GNU R AIRR data representation reference library

  dep: r-cran-airr (>= 1.4.1) [non m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-ape [non m68k]

  paquet de GNU R pour l’analyse de phylogénie et d’évolution

• dep: r-cran-dplyr (>= 0.8.3) [sparc64]

  GNU R grammar of data manipulation

  dep: r-cran-dplyr (>= 1.0) [non m68k, sparc64]

• dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.2.0) [sparc64]

  implementation of the Grammar of Graphics

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.3.4) [x32]

  dep: r-cran-ggplot2 (>= 3.4.0) [non m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-igraph (>= 1.0) [x32]

  analyse et visualisation de réseau avec GNU R

  dep: r-cran-igraph (>= 1.0.0) [sparc64]

  dep: r-cran-igraph (>= 1.5.0) [non m68k, sparc64, x32]

• dep: r-cran-lazyeval [sparc64]

  GNU R lazy (non-standard) evaluation

• dep: r-cran-matrix [sparc64]

  paquet de GNU R de classes pour les matrices denses et creuses

  dep: r-cran-matrix (>= 1.3-0) [non m68k, sparc64]

• dep: r-cran-progress [non m68k]

  barres de progression pour terminaux pour GNU R

• dep: r-cran-rcpp (>= 0.12.12) [non m68k]

  GNU R package for Seamless R and C++ Integration

• dep: r-cran-readr [non m68k]

  GNU R package to read rectangular text data

• dep: r-cran-rlang [non m68k]

  Functions for Base Types and Core R and 'Tidyverse' Features

• dep: r-cran-scales [non m68k]

  Scale functions for visualization

• dep: r-cran-seqinr [non m68k]

  GNU R biological sequences retrieval and analysis

• dep: r-cran-stringi [non m68k]

  utilitaires de traitement de chaines de caractères pour GNU R

• dep: r-cran-tibble [non m68k]

  GNU R Simple Data Frames

• dep: r-cran-tidyr (>= 1.0) [non m68k, sparc64]

  GNU R package to easily tidy data

  dep: r-cran-tidyr (>= 1.0.0) [sparc64]

• sug: r-cran-knitr

  GNU R package for dynamic report generation using Literate Programming

• sug: r-cran-rmarkdown

  convert R markdown documents into a variety of formats

• sug: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Télécharger r-cran-alakazam

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Version	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
alpha (portage non officiel)	1.3.0-1	2 357,8 ko	2 916,0 ko	[liste des fichiers]
amd64	1.3.0-1	2 362,0 ko	2 845,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	1.3.0-1+b1	2 360,2 ko	2 852,0 ko	[liste des fichiers]
hppa (portage non officiel)	1.3.0-1	2 360,1 ko	2 849,0 ko	[liste des fichiers]
ia64 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 368,7 ko	2 948,0 ko	[liste des fichiers]
m68k (portage non officiel)	0.3.0-1	1 706,4 ko	2 053,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	1.3.0-1	2 356,0 ko	2 859,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 362,4 ko	2 918,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1.3.0-1	2 361,4 ko	2 917,0 ko	[liste des fichiers]
riscv64	1.3.0-1+b1	2 364,5 ko	2 821,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	1.3.0-1	2 360,8 ko	2 845,0 ko	[liste des fichiers]
sh4 (portage non officiel)	1.3.0-1	2 367,9 ko	2 851,0 ko	[liste des fichiers]
sparc64 (portage non officiel)	1.0.2-1	1 855,4 ko	2 252,0 ko	[liste des fichiers]
x32 (portage non officiel)	1.2.1-1	2 352,5 ko	2 830,0 ko	[liste des fichiers]