Paquet : tvc (5.0.3+git20151221.80e144e+dfsg-5)

[ Paquet source : tvc  ]

genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms

Torrent Variant Caller (TVC) is a genetic variant caller for Ion Torrent sequencing platforms, and is specially optimized to exploit the underlying flow signal information in the statistical model to evaluate variants. Torrent Variant Caller is designed to call single-nucleotide polymorphisms (SNPs), multi-nucleotide polymorphisms (MNPs), insertions, deletions, and block substitutions.

Autres paquets associés à tvc

• dep: libarmadillo11 (>= 1:11.2.3+dfsg)

  bibliothèque simplifiée d'algèbre linéaire en C++

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  bibliothèque dynamique de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libdisorder0 (>= 0.0.2)

  library for entropy measurement of byte streams

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

  bibliothèque de prise en charge de GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: libjsoncpp25 (>= 1.9.5)

  library for reading and writing JSON for C++

• dep: libsmithwaterman0 (>= 0.0+git20160702.2610e25)

  determine similar regions between two strings or genomic sequences (lib)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	1 049,1 ko	3 361,0 ko	[liste des fichiers]
arm64	970,3 ko	3 221,0 ko	[liste des fichiers]
armel	940,3 ko	3 089,0 ko	[liste des fichiers]
armhf	955,9 ko	2 705,0 ko	[liste des fichiers]
i386	1 089,4 ko	3 452,0 ko	[liste des fichiers]
mips64el	989,1 ko	3 755,0 ko	[liste des fichiers]
mipsel	993,0 ko	3 608,0 ko	[liste des fichiers]
ppc64el	1 060,5 ko	3 733,0 ko	[liste des fichiers]
s390x	977,7 ko	3 396,0 ko	[liste des fichiers]