Paquet : unicycler (0.5.0+dfsg-1)

[ Paquet source : unicycler  ]

pipeline d’assemblage hybride pour des génomes bactériens

Unicycler est un pipeline d’assemblage pour les génomes bactériens. Il peut assembler des ensembles de lectures uniquement Illumina où il fonctionne comme un optimiseur SPAdes. Il peut assembler des ensembles de lectures uniquement longues (PacBio ou Nanopore) où il fonctionne comme une pipeline miniasm + Racon. Pour les meilleurs assemblages possibles, si des lectures Illumina et des lectures longues lui sont fournies, il produira un assemblage hybride.

Autres paquets associés à unicycler

• dep: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: default-jre

  Standard Java or Java compatible Runtime

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: miniasm

  assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Améliorations de Python3 Distutils

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: spades (>= 3.14)

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	843,0 ko	3 108,0 ko	[liste des fichiers]