[ ソース: unicycler ]
パッケージ: unicycler (0.5.0+dfsg-1)
unicycler に関するリンク
Debian の資源:
unicycler ソースパッケージをダウンロード:
- [unicycler_0.5.0+dfsg-1.dsc]
- [unicycler_0.5.0+dfsg.orig.tar.xz]
- [unicycler_0.5.0+dfsg-1.debian.tar.xz]
メンテナ:
外部の資源:
- ホームページ [github.com]
類似のパッケージ:
hybrid assembly pipeline for bacterial genomes
Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.
その他の unicycler 関連パッケージ
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- dep: bcftools
- ゲノムの variant call と VCF/BCF ファイルの操作
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- dep: bowtie2
- ultrafast memory-efficient short read aligner
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- dep: default-jre
- Standard Java or Java compatible Runtime
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- dep: libc6 (>= 2.34)
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
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- dep: libgcc-s1 (>= 3.0)
- GCC 共有ライブラリ
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- dep: libstdc++6 (>= 11)
- GNU 標準 C++ ライブラリ v3
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- dep: miniasm
- ultrafast de novo assembler for long noisy DNA sequencing reads
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- dep: ncbi-blast+
- next generation suite of BLAST sequence search tools
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- dep: pilon
- automated genome assembly improvement and variant detection tool
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- dep: python3
- interactive high-level object-oriented language (default python3 version)
- dep: python3 (>= 3~)
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- dep: python3-setuptools
- Python3 用配布用ユーティリティへの機能強化
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- dep: racon
- consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads
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- dep: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
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- dep: spades (>= 3.14)
- genome assembler for single-cell and isolates data sets
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- dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)
- 圧縮ライブラリ - ランタイム
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- rec: unicycler-data
- hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)