Paquet : spades (3.15.5+dfsg-2)

[ Paquet source : spades  ]

assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

SPAdes (assembleur de génome de Saint-Pétersbourg) est conçu pour à la fois les assemblages de MDA bactériens isolés standard et ceux de cellule unique. Il fonctionne avec les lectures d’Illumina ou IonTorrent et peut fournir des assemblages hybrides en utilisant des lectures de PacBio ou Sanger. Des contigs supplémentaires peuvent être fournis pour être utilisés comme lectures longues.

Ce paquet fournit aussi les tuyauteries supplémentaires suivantes :

 – metaSPAdes, tuyauterie pour des ensembles de données métagénomiques ;
 – plasmidSPAdes, tuyauterie pour l’extraction et l’assemblage de
   plasmides à partir d’ensembles de données WGS ;
 – metaplasmidSPAdes, tuyauterie pour l’extraction et l’assemblage de
   plasmides à partir d’ensembles de données métagénomiques ;
 – rnaSPAdes, assembleur de novo de transcriptome à partir le données de
   séquençages d’ARN ;
 – truSPAdes, module pour l’assemblage de codages à barres TruSeq ;
 – biosyntheticSPAdes, module pour l’assemblage de groupes de gènes
   biosynthétique avec des lectures appariés.

SPAdes fournit plusieurs exécutables autonomes avec une interface en ligne de commande relativement simple : comptage k-mer (spades-kmercounter), construction de graphe d’assemblages (spades-gbuilder) et lectures longues vers un alignement de graphe (spades-gmapper).

Étiquettes: Biologie: Acides nucléiques, Domaine: Biologie, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Mis en œuvre en: Python, Interface utilisateur: interface::commandline, role::program, Champ d'application: Utilitaire, Fonctionne avec: works-with::biological-sequence, works-with::file

Autres paquets associés à spades

• dep: bamtools

  boîte à outils de manipulation de fichiers BAM (alignement de génomes)

• dep: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• dep: libc6 (>= 2.34)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 4.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgomp1 (>= 6)

  bibliothèque GCC pour OpenMP (GOMP)

• dep: libnlopt0 (>= 2.6.1)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0 (>= 1.1)

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 12)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-distutils

  paquet distutils pour Python⋅3.x

• dep: python3-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python3-yaml

  analyseur et générateur de code YAML pour Python3

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	8 460,1 ko	36 984,0 ko	[liste des fichiers]