Paquet : unicycler (0.4.8+dfsg-2)

[ Paquet source : unicycler  ]

hybrid assembly pipeline for bacterial genomes

Unicycler is an assembly pipeline for bacterial genomes. It can assemble Illumina-only read sets where it functions as a SPAdes-optimiser. It can also assembly long-read-only sets (PacBio or Nanopore) where it runs a miniasm+Racon pipeline. For the best possible assemblies, give it both Illumina reads and long reads, and it will conduct a hybrid assembly.

Autres paquets associés à unicycler

• dep: bcftools

  appel de variantes génomiques et manipulation de fichiers VCF et BCF

• dep: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• dep: default-jre

  environnement d'exécution Java standard ou compatible

• dep: libc6 (>= 2.29)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Paquet indisponible

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: miniasm

  assembleur de novo très rapide pour des lectures longues de séquences d’ADN bruitées

• dep: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• dep: pilon

  automated genome assembly improvement and variant detection tool

• dep: python3

  langage orienté objet interactif de haut niveau – version par défaut de Python 3

  dep: python3 (>= 3~)

• dep: python3-setuptools

  Améliorations de Python3 Distutils

• dep: racon

  consensus module for raw de novo DNA assembly of long uncorrected reads

• dep: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• dep: spades (>= 3.13.1)

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: unicycler-data

  hybrid assembly pipeline for bacterial genomes (data package)

Télécharger unicycler

Télécharger pour toutes les architectures proposées

Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	861,0 ko	3 532,0 ko	[liste des fichiers]