Paket: ugene (34.0+dfsg-2) [non-free]

[ Quellcode: ugene  ]

integrated bioinformatics toolkit

Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.

Markierungen: GUI-Baukasten: Qt

Andere Pakete mit Bezug zu ugene

• dep: libc6 (>= 2.30)

  GNU-C-Bibliothek: Laufzeitbibliotheken
  auch ein virtuelles Paket, bereitgestellt durch libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  GCC Support-Bibliothek

• dep: libgl1

  Herstellerunabhängige GL-Verteilbibliothek -- Unterstützung für die alte libGL

• dep: libglu1-mesa

  OpenGL Utility Library (GLU) von Mesa

  oder libglu1

  virtuelles Paket, bereitgestellt durch libglu1-mesa

• dep: libqt5core5a (>= 5.15.1)

  Qt-5-Basismodul

• dep: libqt5gui5 (>= 5.14.1)

  Qt-5-GUI-Modul

  oder libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5network5 (>= 5.0.2)

  Qt-5-Netzwerkmodul

• dep: libqt5opengl5 (>= 5.0.2)

  Qt-5-OpenGL-Modul

• dep: libqt5printsupport5 (>= 5.0.2)

  Qt-5-Modul zur Druckunterstützung

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt-5-Modul QtScript

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 - Skript-Werkzeugmodul

• dep: libqt5sql5 (>= 5.0.2)

  SQL-Modul für Qt 5

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt-5-Modul für skalierbare Vektorgrafiken (SVG)

• dep: libqt5test5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt-5-Testmodul

• dep: libqt5webchannel5 (>= 5.6.1)

  Webkommunikationsbibliothek für Qt

• dep: libqt5webenginewidgets5 (>= 5.14.1)

  Qt-Engine für Webinhalte - Widget

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  Qt5-WebSocket-Modul

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.15.1)

  Qt-5-Widgetmodul

• dep: libqt5xml5 (>= 5.1.0)

  XML-Modul für Qt 5

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  Laufzeit-Bibliothek für SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU-Implementierung der Standard-C++-Bibliothek (Version 3)

• dep: ugene-data

  required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Kompressions-Bibliothek - Laufzeit

• rec: bedtools

  Hilfswerkzeugsammlung zum Vergleich genomischer Merkmale

• rec: bowtie

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bowtie2

  Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen

• rec: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• rec: clustalo

  General-purpose multiple sequence alignment program for proteins

• rec: clustalw

  Globale multiple Alignments von Nukleotid- oder Peptidsequenzen

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: default-jre-headless

  Standard-Java- oder Java-kompatible Laufzeitumgebung (»headless«)

• rec: fastqc

  quality control for high throughput sequence data

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: hmmer2

  Profil-Hidden-Markov-Modelle für Protein-Sequenzanalyse

• rec: kalign

  Globales und fortschreitendes multiples Sequenzalignment

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: macs

  Model-based Analysis of ChIP-Seq on short reads sequencers

• rec: mafft

  Programm für multiples Alignment von Aminosäure- oder Nukleotidsequenzen

• rec: mrbayes

  Bayessche Inferenz der Phylogenie

• rec: muscle

  Programm zur Ausrichtung mehrerer Proteinsequenzen

• rec: ncbi-blast+

  next generation suite of BLAST sequence search tools

• rec: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• rec: primer3

  tool to design flanking oligo nucleotides for DNA amplification

• rec: r-base

  GNU R - ein System für statistische Berechnungen und Grafiken

• rec: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• rec: spades

  genome assembler for single-cell and isolates data sets

• rec: t-coffee

  Multiple Sequence Alignment

• rec: trimmomatic

  flexible read trimming tool for Illumina NGS data

• rec: vcftools

  Collection of tools to work with VCF files

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Architektur	Paketgröße	Größe (installiert)	Dateien
amd64	16.464,7 kB	59.996,0 kB	[Liste der Dateien]