Paquet : ugene (34.0+dfsg-2) [non-free]

[ Paquet source : ugene  ]

integrated bioinformatics toolkit

Unipro UGENE is a cross-platform visual environment for DNA and protein sequence analysis. UGENE integrates the most important bioinformatics computational algorithms and provides an easy-to-use GUI for performing complex analysis of the genomic data. One of the main features of UGENE is a designer for custom bioinformatics workflows.

Étiquettes: Boîte à outils d'interface utilisateur: Qt

Autres paquets associés à ugene

• dep: libc6 (>= 2.30)

  bibliothèque C GNU : bibliothèques partagées
  un paquet virtuel est également fourni par libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0)

  bibliothèque de prise en charge de GCC

• dep: libgl1

  bibliothèque de transport GL indépendante du fournisseur – prise en charge de l’ancienne GL

• dep: libglu1-mesa

  bibliothèque utilitaire Mesa OpenGL (GLU)

  ou libglu1

  paquet virtuel fourni par libglu1-mesa

• dep: libqt5core5a (>= 5.15.1)

  module principal de QT⋅5

• dep: libqt5gui5 (>= 5.14.1)

  module Qt⋅5 d'interface graphique

  ou libqt5gui5-gles (>= 5.14.1)

  Qt 5 GUI module — OpenGL ES variant

• dep: libqt5network5 (>= 5.0.2)

  module réseau de Qt⋅5

• dep: libqt5opengl5 (>= 5.0.2)

  Qt 5 OpenGL module

• dep: libqt5printsupport5 (>= 5.0.2)

  Qt 5 print support module

• dep: libqt5script5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script module

• dep: libqt5scripttools5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 script tools module

• dep: libqt5sql5 (>= 5.0.2)

  module SQL de Qt⋅5

• dep: libqt5svg5 (>= 5.6.0~beta)

  module SVG de Qt⋅5

• dep: libqt5test5 (>= 5.6.0~beta)

  Qt 5 test module

• dep: libqt5webchannel5 (>= 5.6.1)

  Web communication library for Qt

• dep: libqt5webenginewidgets5 (>= 5.14.1)

  Web content engine library for Qt - Widget

• dep: libqt5websockets5 (>= 5.6.0)

  Qt 5 Web Sockets module

• dep: libqt5widgets5 (>= 5.15.1)

  module de widgets de Qt⋅5

• dep: libqt5xml5 (>= 5.1.0)

  Qt 5 XML module

• dep: libsqlite3-0 (>= 3.7.11)

  Bibliothèque partagée SQLite 3

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  bibliothèque standard C++ de GNU v3

• dep: ugene-data

  required data for UGENE - integrated bioinformatics toolkit

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Bibliothèque de compression - binaires

• rec: bedtools

  suite d'utilitaires pour la comparaison des caractéristiques de génomes

• rec: bowtie

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bowtie2

  aligneur ultra-rapide de lectures courtes avec une faible empreinte mémoire

• rec: bwa

  dispositif d'alignement Burrows-Wheeler

• rec: clustalo

  programme à usage général d'alignement de plusieurs séquences pour les protéines

• rec: clustalw

  alignement de séquences de nucléotides ou de peptides

• rec: cutadapt

  Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads

• rec: default-jre-headless

  environnement d'exécution standard Java ou compatible — non graphique

• rec: fastqc

  contrôle qualité pour les données de séquences à haut débit

• rec: hisat2

  graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes

• rec: hmmer

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: hmmer2

  profilage de modèles de Markov cachés pour la recherche de séquences

• rec: kalign

  Alignement séquentiel multiple global et progressif

• rec: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

• rec: macs

  analyse basée sur modèles de ChIP-Seq venant de séquenceurs de lectures courtes

• rec: mafft

  programme d'alignement multiple pour des séquences de nucléotides ou d'acides aminés

• rec: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• rec: muscle

  Programme d'alignements multiples de séquences de protéine

• rec: ncbi-blast+

  suite d'outils de recherche de séquences BLAST de dernière génération

• rec: phyml

  estimation phylogénétique utilisant la probabilité maximale

• rec: primer3

  outil de choix d'amorces l'amplification d'ADN

• rec: r-base

  système de calcul statistique et de graphique GNU R

• rec: samtools

  traitement d'alignements de séquence pour les formats SAM et BAM et CRAM

• rec: spades

  assembleur génomique pour des ensembles de données de « single-cell » et « isolates »

• rec: t-coffee

  alignement multiple de séquences

• rec: trimmomatic

  outil flexible de découpage de lecture pour les données Illumina NGS

• rec: vcftools

  ensemble d'outils pour travailler avec les fichiers VCF

• sug: cufflinks

  Transcript assembly, differential expression and regulation for RNA-Seq

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Architecture	Taille du paquet	Espace occupé une fois installé	Fichiers
amd64	16 464,7 ko	59 996,0 ko	[liste des fichiers]