Paket: multiqc (1.9+dfsg-3)
Links für multiqc
Debian-Ressourcen:
Quellcode-Paket multiqc herunterladen:
- [multiqc_1.9+dfsg-3.dsc]
- [multiqc_1.9+dfsg.orig-debian-tests-data.tar.xz]
- [multiqc_1.9+dfsg.orig.tar.xz]
- [multiqc_1.9+dfsg-3.debian.tar.xz]
Betreuer:
- Debian Med Packaging Team (QS-Seite, E-Mail-Archiv)
- Andreas Tille (QS-Seite)
- Steffen Moeller (QS-Seite)
Externe Ressourcen:
- Homepage [multiqc.info]
Ähnliche Pakete:
output integration for RNA sequencing across tools and samples
The sequencing of DNA or RNA with current high-throughput technologies involves an array of tools and these are applied over a range of samples. It is easy to loose oversight. And gathering the data and forwarding them in a readable manner to the individuals who took the samples is a challenge for a tool in itself. Well. Here it is. MultiQC aggregates the output of multiple tools into a single report.
Reports are generated by scanning given directories for recognised log files. These are parsed and a single HTML report is generated summarising the statistics for all logs found. MultiQC reports can describe multiple analysis steps and large numbers of samples within a single plot, and multiple analysis tools making it ideal for routine fast quality control.
Andere Pakete mit Bezug zu multiqc
|
|
|
|
-
- dep: fonts-glyphicons-halflings
- Symbole für kleinere Grafiken
-
- dep: libjs-bootstrap
- HTML-, CSS- und JavaScript-Rahmenwerk
-
- dep: libjs-jquery
- JavaScript-Bibliothek für dynamische Webanwendungen
-
- dep: libjs-jquery-tablesorter
- jQuery-Plungin für flexible clientseitige Sortierung von Tabellen
-
- dep: libjs-jquery-ui
- JavaScript-Bibliothek für Benutzerschnittstellen dynamischer Web-Anwendungen
-
- dep: python3
- Interaktive objektorientierte Hochsprache (Python3-Standardversion)
-
- dep: python3-click
- Wrapper around optparse for command line utilities - Python 3.x
-
- dep: python3-coloredlogs
- colored terminal output for Python 3's logging module
-
- dep: python3-distutils
- Distutils-Paket für Python 3.x
-
- dep: python3-future
- Saubere Unterstützung für Python 3 und 2 aus einer Quelle - Python 3.x
-
- dep: python3-humanfriendly (>= 8.1-2)
- Python3 library to make user friendly text interfaces
-
- dep: python3-jinja2
- Eigenständiges, kleines, aber schnelles und einfach bedienbares Vorlagenprogramm
-
- dep: python3-lzstring
- LZ-based compression algorithm for Python (Python 3 version)
-
- dep: python3-markdown
- Werkzeug zur Umwandlung von Text in HTML (Python-3-Implementierung)
-
- dep: python3-matplotlib
- Python-3-System ähnlich Matlab zur Ausgabe von Zeichnungen
-
- dep: python3-networkx
- Werkzeug zum Erstellen, Manipulieren und Studieren komplexer Netzwerke (Python 3)
-
- dep: python3-numpy
- Schnelle Array-Einrichtung für die Sprache Python 3
-
- dep: python3-requests
- Elegante und einfache Python-3-HTTP-Bibliothek, für Menschen gebaut
-
- dep: python3-simplejson
- Einfacher, schneller, erweiterbarer Python-3.x-Codierer/Decodierer für JSON
-
- dep: python3-spectra
- Easy color scales and color conversion for Python (Python 3 version)
-
- dep: python3-yaml
- Python3-Parser und -Emitter für YAML
-
- rec: libjs-filesaver
- Client-side, HTML5 library for saving local files
-
- rec: node-clipboard
- Node.js module to copy to clipboard without flash
-
- rec: pandoc
- general markup converter
-
- rec: texlive-xetex
- TeX Live: XeTeX and packages
-
- enh: adapterremoval
- rapid adapter trimming, identification, and read merging of gene sequences
-
- enh: afterqc
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: bamtools
- toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files
-
- enh: bbmap
- short read aligner and other bioinformatic tools
-
- enh: bcftools
- Aufruf und Manipulation genomischer Varianten von VCF/BCF-Dateien
-
- enh: bcl2fastq
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: biobambam2
- tools for early stage alignment file processing
-
- enh: biobloomtools
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: biscuit
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: bismark
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: bowtie
- Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
-
- enh: bowtie2
- Ultraschnelles und speichersparendes Alignmentprogramm für kurze DNA-Sequenzen
-
- enh: busco
- benchmarking sets of universal single-copy orthologs
-
- enh: clipandmerge
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: clusterflow
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: conpair
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: cutadapt
- Clean biological sequences from high-throughput sequencing reads
-
- enh: damageprofiler
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: dedup
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: deeptools
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: disambiguate
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: dragen
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: fastp
- Ultra-fast all-in-one FASTQ preprocessor
-
- enh: fastq-screen
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: fastqc
- quality control for high throughput sequence data
-
- enh: featurecounts
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: fgbio
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: flash
- Fast Length Adjustment of SHort reads
-
- enh: flexbar
- flexible barcode and adapter removal for sequencing platforms
-
- enh: gatk
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: goleft-indexcov
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: happy
- Parser-Generator für Haskell
-
- enh: hicexplorer
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: hicpro
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: hicup
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: hisat2
- graph-based alignment of short nucleotide reads to many genomes
-
- enh: homer
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: htseq
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: interop
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: ivar
- functions broadly useful for viral amplicon-based sequencing
-
- enh: jellyfish
- Zählt k-mere in DNA-Sequenzen
-
- enh: kaiju
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: kallisto
- near-optimal RNA-Seq quantification
-
- enh: kat
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: kraken
- assigning taxonomic labels to short DNA sequences
-
- enh: leehom
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: longranger
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: macs2
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: malt
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: methylqa
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: minionqc
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: mirtop
- Kommentieren von micrRNAs mit einer Standard-Mirna/Isomir-Benennung
-
- enh: mirtrace
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: mosdepth
- BAM/CRAM depth calculation biological sequencing
-
- enh: mtnucratio
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: multivcfanalyzer
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: peddy
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: phantompeakqualtools
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: picard-tools
- Kommandozeilenwerkzeuge zur Bearbeitung von SAM- und BAM-Dateien
-
- enh: preseq
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: prokka
- rapid annotation of prokaryotic genomes
-
- enh: pycoqc
- computes metrics and generates Interactive QC plots
-
- enh: qorts
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: qualimap
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: quast
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: rna-seqc
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: rna-star
- ultrafast universal RNA-seq aligner
-
- enh: rockhopper
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: rsem
- RNA-Seq by Expectation-Maximization
-
- enh: rseqc
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: salmon
- wicked-fast transcript quantification from RNA-seq data
-
- enh: samblaster
- marks duplicates, extracts discordant/split reads
-
- enh: samtools
- processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats
-
- enh: sargasso
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: seqyclean
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: sexdeterrmine
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: sickle
- windowed adaptive trimming tool for FASTQ files using quality
-
- enh: skewer
- post-processing of high-throughput DNA sequence reads
-
- enh: slamdunk
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: snpeff
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: snpsplit
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: somalier
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: sortmerna
- tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads
-
- enh: stacks
- pipeline for building loci from short-read DNA sequences
-
- enh: supernova
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: theta2
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: tophat
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: trimmomatic
- flexible read trimming tool for Illumina NGS data
-
- enh: varscan2
- Paket nicht verfügbar
-
- enh: vcftools
- Collection of tools to work with VCF files
-
- enh: verifybamid
- Paket nicht verfügbar
multiqc herunterladen
Architektur | Paketgröße | Größe (installiert) | Dateien |
---|---|---|---|
all | 541,2 kB | 2.421,0 kB | [Liste der Dateien] |