Package: r-cran-qtl (1.70-1 and others)

[ Source: r-cran-qtl  ]

GNU R-pakke for genetisk markørbindingsanalyse

R/QTL er et udvideligt, interaktivt miljø til kortlægning af kvantitativ trait loci (QTL'er) i eksperimentelle krydsninger. Det er implementeret som en udvidelsespakke til det frit tilgængelige og udbredte statistiske sprog/program R (se http://www.r-project.org).

Udviklingen af ​​dette program som en udvidelse til R giver mulighed for at udnytte de grundlæggende matematiske og statistiske funktioner, og kraftfulde grafikfunktioner, der er indeholdt i R. Derudover vil brugeren få gavn af den problemfri integration af QTL-kortlægningsprogrammet i et generelt statistisk analyseprogram. Målet er at gøre komplekse QTL-kortlægningsmetoder bredt tilgængelige og give brugerne mulighed for at fokusere på modellering snarere end beregning.

Et centralt element i beregningsmæssige metoder til QTL-oversættelse er den skjulte Markov-modelteknologi (HMM) til håndtering af manglende arvemassedata. De vigtigste HMM-algoritmer blev implementeret, med hensyn til tilstedeværelsen af arvemassefejl, for tilbagekrydsninger, krydsninger og fase-kendte fire vejs krydsninger.

Den nuværende version af R/QTL omfatter faciliteter til estimering af genetiske kort, identificering af arvemassefejl, og udførelse af single-QTL-arvemasseskanninger og to-QTL, todimensionale arvemasse skanninger, efter intervalkortlægning (med EM-algoritmen), Haley-Knott-regression og flere imputationer. Alt dette kan udføres i nærvær af kovarianter (såsom køn, alder eller behandling). Man kan også passe højere orden QTL-modeller ved flere imputationer.

Tags: Software Development: GNU R Development, Libraries, Field: Biology, field::statistics, implemented-in::r, Role: Application Data, Application Suite: GNU

Other Packages Related to r-cran-qtl

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Kørselstidsbibliotek for GNU Fortran-programmer

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [sparc64]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: r-api-4.0

  virtual package provided by r-base-core

• dep: ruby

  Fortolker af det objektorienterede skriptsprog Ruby - standardversion

• rec: r-cran-testthat

  GNU R-testpakke

Download r-cran-qtl

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	1.70-1	5,403.8 kB	10,369.0 kB	[list of files]
amd64	1.70-1	5,413.7 kB	10,334.0 kB	[list of files]
arm64	1.70-1	5,396.8 kB	10,307.0 kB	[list of files]
armel	1.70-1	5,391.1 kB	10,301.0 kB	[list of files]
armhf	1.70-1	5,381.0 kB	10,153.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	1.70-1	5,404.2 kB	10,308.0 kB	[list of files]
i386	1.70-1	5,410.2 kB	10,345.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	1.66-1	5,432.0 kB	10,665.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	1.70-1	5,373.1 kB	10,223.0 kB	[list of files]
mips64el	1.70-1	5,398.0 kB	10,321.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	1.70-1	5,451.6 kB	10,500.0 kB	[list of files]
ppc64el	1.70-1	5,444.5 kB	10,435.0 kB	[list of files]
riscv64	1.70-1	5,404.2 kB	10,195.0 kB	[list of files]
s390x	1.70-1	5,471.8 kB	10,479.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	1.70-1	5,436.5 kB	10,302.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	1.70-1	5,386.6 kB	10,951.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	1.70-1	5,410.4 kB	10,315.0 kB	[list of files]