Пакет: r-cran-qtl (1.70-1 и другие)

[ Источник: r-cran-qtl  ]

GNU R package for genetic marker linkage analysis

R/qtl is an extensible, interactive environment for mapping quantitative trait loci (QTLs) in experimental crosses. It is implemented as an add-on-package for the freely available and widely used statistical language/software R (see http://www.r-project.org).

The development of this software as an add-on to R allows one to take advantage of the basic mathematical and statistical functions, and powerful graphics capabilities, that are provided with R. Further, the user will benefit by the seamless integration of the QTL mapping software into a general statistical analysis program. The goal is to make complex QTL mapping methods widely accessible and allow users to focus on modeling rather than computing.

A key component of computational methods for QTL mapping is the hidden Markov model (HMM) technology for dealing with missing genotype data. The main HMM algorithms, with allowance for the presence of genotyping errors, for backcrosses, intercrosses, and phase-known four-way crosses were implemented.

The current version of R/qtl includes facilities for estimating genetic maps, identifying genotyping errors, and performing single-QTL genome scans and two-QTL, two-dimensional genome scans, by interval mapping (with the EM algorithm), Haley-Knott regression, and multiple imputation. All of this may be done in the presence of covariates (such as sex, age or treatment). One may also fit higher-order QTL models by multiple imputation.

Теги: Разработка программного обеспечения: Разработка на GNU R, Библиотеки, Область: Биология, field::statistics, implemented-in::r, Роль: Данные приложения, Комплект приложений: GNU

Другие пакеты, относящиеся к r-cran-qtl

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [sparc64]

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: r-api-4.0

  виртуальный пакет, предоставляемый r-base-core

• dep: ruby

  интерпретатор объектно-ориентированного языка сценариев Ruby (основная версия)

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Загрузка r-cran-qtl

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
alpha (неофициальный перенос)	1.70-1	5 403,8 Кб	10 369,0 Кб	[список файлов]
amd64	1.70-1	5 413,7 Кб	10 334,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.70-1	5 396,8 Кб	10 307,0 Кб	[список файлов]
armel	1.70-1	5 391,1 Кб	10 301,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.70-1	5 381,0 Кб	10 153,0 Кб	[список файлов]
hppa (неофициальный перенос)	1.70-1	5 404,2 Кб	10 308,0 Кб	[список файлов]
i386	1.70-1	5 410,2 Кб	10 345,0 Кб	[список файлов]
ia64 (неофициальный перенос)	1.66-1	5 432,0 Кб	10 665,0 Кб	[список файлов]
m68k (неофициальный перенос)	1.70-1	5 373,1 Кб	10 223,0 Кб	[список файлов]
mips64el	1.70-1	5 398,0 Кб	10 321,0 Кб	[список файлов]
ppc64 (неофициальный перенос)	1.70-1	5 451,6 Кб	10 500,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	1.70-1	5 444,5 Кб	10 435,0 Кб	[список файлов]
riscv64	1.70-1	5 404,2 Кб	10 195,0 Кб	[список файлов]
s390x	1.70-1	5 471,8 Кб	10 479,0 Кб	[список файлов]
sh4 (неофициальный перенос)	1.70-1	5 436,5 Кб	10 302,0 Кб	[список файлов]
sparc64 (неофициальный перенос)	1.70-1	5 386,6 Кб	10 951,0 Кб	[список файлов]
x32 (неофициальный перенос)	1.70-1	5 410,4 Кб	10 315,0 Кб	[список файлов]