Пакет: r-cran-qtl (1.70-1 и други)

[ Източник: r-cran-qtl  ]

GNU R package for genetic marker linkage analysis

R/qtl is an extensible, interactive environment for mapping quantitative trait loci (QTLs) in experimental crosses. It is implemented as an add-on-package for the freely available and widely used statistical language/software R (see http://www.r-project.org).

The development of this software as an add-on to R allows one to take advantage of the basic mathematical and statistical functions, and powerful graphics capabilities, that are provided with R. Further, the user will benefit by the seamless integration of the QTL mapping software into a general statistical analysis program. The goal is to make complex QTL mapping methods widely accessible and allow users to focus on modeling rather than computing.

A key component of computational methods for QTL mapping is the hidden Markov model (HMM) technology for dealing with missing genotype data. The main HMM algorithms, with allowance for the presence of genotyping errors, for backcrosses, intercrosses, and phase-known four-way crosses were implemented.

The current version of R/qtl includes facilities for estimating genetic maps, identifying genotyping errors, and performing single-QTL genome scans and two-QTL, two-dimensional genome scans, by interval mapping (with the EM algorithm), Haley-Knott regression, and multiple imputation. All of this may be done in the presence of covariates (such as sex, age or treatment). One may also fit higher-order QTL models by multiple imputation.

Етикети: Software Development: GNU R Development, Библиотеки, Field: Biology, field::statistics, implemented-in::r, Role: Application Data, Application Suite: GNU

Други пакети, свързани с r-cran-qtl

• dep: libblas3

  Basic Linear Algebra Reference implementations, shared library

  или libblas.so.3

  виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [не alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  или liblapack.so.3

  виртуален пакет, предлаган от libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [sparc64]

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: r-api-4.0

  виртуален пакет, предлаган от r-base-core

• dep: ruby

  Interpreter of object-oriented scripting language Ruby (default version)

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Изтегляне на r-cran-qtl

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Версия	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
alpha (неофициална архитектура)	1.70-1	5 403,8 кБ	10 369,0 кБ	[списък на файловете]
amd64	1.70-1	5 413,7 кБ	10 334,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	1.70-1	5 396,8 кБ	10 307,0 кБ	[списък на файловете]
armel	1.70-1	5 391,1 кБ	10 301,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	1.70-1	5 381,0 кБ	10 153,0 кБ	[списък на файловете]
hppa (неофициална архитектура)	1.70-1	5 404,2 кБ	10 308,0 кБ	[списък на файловете]
i386	1.70-1	5 410,2 кБ	10 345,0 кБ	[списък на файловете]
ia64 (неофициална архитектура)	1.66-1	5 432,0 кБ	10 665,0 кБ	[списък на файловете]
m68k (неофициална архитектура)	1.70-1	5 373,1 кБ	10 223,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	1.70-1	5 398,0 кБ	10 321,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64 (неофициална архитектура)	1.70-1	5 451,6 кБ	10 500,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	1.70-1	5 444,5 кБ	10 435,0 кБ	[списък на файловете]
riscv64	1.70-1	5 404,2 кБ	10 195,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	1.70-1	5 471,8 кБ	10 479,0 кБ	[списък на файловете]
sh4 (неофициална архитектура)	1.70-1	5 436,5 кБ	10 302,0 кБ	[списък на файловете]
sparc64 (неофициална архитектура)	1.70-1	5 386,6 кБ	10 951,0 кБ	[списък на файловете]
x32 (неофициална архитектура)	1.70-1	5 410,4 кБ	10 315,0 кБ	[списък на файловете]