Pakiet: r-cran-qtl (1.70-1 i inne)

[ Pakiet źródłowy: r-cran-qtl  ]

GNU R package for genetic marker linkage analysis

R/qtl is an extensible, interactive environment for mapping quantitative trait loci (QTLs) in experimental crosses. It is implemented as an add-on-package for the freely available and widely used statistical language/software R (see http://www.r-project.org).

The development of this software as an add-on to R allows one to take advantage of the basic mathematical and statistical functions, and powerful graphics capabilities, that are provided with R. Further, the user will benefit by the seamless integration of the QTL mapping software into a general statistical analysis program. The goal is to make complex QTL mapping methods widely accessible and allow users to focus on modeling rather than computing.

A key component of computational methods for QTL mapping is the hidden Markov model (HMM) technology for dealing with missing genotype data. The main HMM algorithms, with allowance for the presence of genotyping errors, for backcrosses, intercrosses, and phase-known four-way crosses were implemented.

The current version of R/qtl includes facilities for estimating genetic maps, identifying genotyping errors, and performing single-QTL genome scans and two-QTL, two-dimensional genome scans, by interval mapping (with the EM algorithm), Haley-Knott regression, and multiple imputation. All of this may be done in the presence of covariates (such as sex, age or treatment). One may also fit higher-order QTL models by multiple imputation.

Znaczniki: Rozwój oprogramowania: Rozwijanie w języku GNU R, Biblioteki, Dziedzina: Biologia, field::statistics, implemented-in::r, Rola: Dane aplikacji, Zestaw oprogramowania: GNU

Inne pakiety związane z r-cran-qtl

• dep: libblas3

  Implementacje Basic Linear Algebra Reference, biblioteka współdzielona

  lub libblas.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libc6 (>= 2.27) [riscv64]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.29) [nie alpha, ia64, riscv64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.39) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [sparc64]

  Biblioteka wspomagająca GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.3.4) [sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgfortran5 (>= 8) [sparc64]

  Runtime library for GNU Fortran applications

• dep: liblapack3

  Library of linear algebra routines 3 - shared version

  lub liblapack.so.3

  pakiet wirtualny udostępniany przez libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libstdc++6 (>= 4.1.1) [sparc64]

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: r-api-4.0

  pakiet wirtualny udostępniany przez r-base-core

• dep: ruby

  Interpreter zorientowanego obiektowo skryptowego języka Ruby (wersja domyślna)

• rec: r-cran-testthat

  GNU R testsuite

Pobieranie r-cran-qtl

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Wersja	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
alpha (port nieoficjalny)	1.70-1	5 403,8 KiB	10 369,0 KiB	[lista plików]
amd64	1.70-1	5 413,7 KiB	10 334,0 KiB	[lista plików]
arm64	1.70-1	5 396,8 KiB	10 307,0 KiB	[lista plików]
armel	1.70-1	5 391,1 KiB	10 301,0 KiB	[lista plików]
armhf	1.70-1	5 381,0 KiB	10 153,0 KiB	[lista plików]
hppa (port nieoficjalny)	1.70-1	5 404,2 KiB	10 308,0 KiB	[lista plików]
i386	1.70-1	5 410,2 KiB	10 345,0 KiB	[lista plików]
ia64 (port nieoficjalny)	1.66-1	5 432,0 KiB	10 665,0 KiB	[lista plików]
m68k (port nieoficjalny)	1.70-1	5 373,1 KiB	10 223,0 KiB	[lista plików]
mips64el	1.70-1	5 398,0 KiB	10 321,0 KiB	[lista plików]
ppc64 (port nieoficjalny)	1.70-1	5 451,6 KiB	10 500,0 KiB	[lista plików]
ppc64el	1.70-1	5 444,5 KiB	10 435,0 KiB	[lista plików]
riscv64	1.70-1	5 404,2 KiB	10 195,0 KiB	[lista plików]
s390x	1.70-1	5 471,8 KiB	10 479,0 KiB	[lista plików]
sh4 (port nieoficjalny)	1.70-1	5 436,5 KiB	10 302,0 KiB	[lista plików]
sparc64 (port nieoficjalny)	1.70-1	5 386,6 KiB	10 951,0 KiB	[lista plików]
x32 (port nieoficjalny)	1.70-1	5 410,4 KiB	10 315,0 KiB	[lista plików]