Package: mira-assembler (4.9.6-11 and others)

[ Source: mira  ]

Hel Genome Shotgun og EST Sequence Assembler

Mira er en specialiseret gensekvenssamler for sekvensprojekter regnet som »svære« på grund af et stort antal ensformige gentagelser. For expressed sequence tags-transskriptioner (EST'er) er miraEST specialiseret på rekonstruktion af urørte mRNA-transskriptioner mens det detekterer og klassificerer enlige nukleotidpolymorfismer (SNP), der opstår i forskellige variationer herudfra.

Sekvenssamleren bruges rutinemæssigt til forskellige opgaver såsom mutationsdetektering i forskellige celletyper, analyser af ligheder i transskriptioner mellem organismer og samling af urørte sekvenser fra forskellige kilder for oligodesign i kliniske mikroarrayeksperimenter.

Pakken tilbyder følgende kørbare filer:

 * mira: for samling af genomsekvenser
 * miramem: estimerer hukommelsen krævet af et projekt. Fungerer
   ved at lænke til mira.
 * mirabait: et »grep«-lignende værktøj til at vælge læsninger med kmerer
   op til 256 baser.
 * miraconvert: er et værktøj til at konvertere, udtrække og nogle gange
   genberegne alle slags data relateret til sekvenssamlingsfiler.

Tags: Role: Program

Other Packages Related to mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.83.0-icu72 [sparc64]

  virtual package provided by libboost-regex1.83.0

• dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  bibliotek til operativsystem (eksempelvis diagnostisk understøttelse)

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  flytbar C++-flertrådning

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4, x32]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  XML-fortolkning C-bibliotek - kørselstidsbibliotek

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, x32]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  Bibliotek til at bestemme call-chain for et program - kørselstid

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  Udtræk af RFAM 12 rRNA-databasen

• sug: mira-doc

  Dokumentation for Mira

Download mira-assembler

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	4.9.6-11	2,591.6 kB	8,357.0 kB	[list of files]
amd64	4.9.6-11	2,507.6 kB	7,996.0 kB	[list of files]
arm64	4.9.6-11+b1	2,357.3 kB	7,264.0 kB	[list of files]
armel	4.9.6-11	2,145.5 kB	7,031.0 kB	[list of files]
armhf	4.9.6-11	2,102.0 kB	5,119.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	4.9.6-11	2,454.6 kB	7,599.0 kB	[list of files]
i386	4.9.6-11	2,401.7 kB	8,227.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	4.9.6-11	3,535.0 kB	14,730.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	4.9.6-11	2,175.7 kB	7,707.0 kB	[list of files]
mips64el	4.9.6-11	2,301.6 kB	8,737.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	4.9.6-11	2,395.3 kB	8,224.0 kB	[list of files]
ppc64el	4.9.6-11	2,535.8 kB	8,096.0 kB	[list of files]
riscv64	4.9.6-11	2,690.3 kB	6,472.0 kB	[list of files]
s390x	4.9.6-11	1,967.3 kB	7,400.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	4.9.6-11	2,911.8 kB	6,749.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	4.9.6-11	1,985.1 kB	7,338.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	4.9.6-11+b1	2,747.6 kB	8,599.0 kB	[list of files]