Пакунок: mira-assembler (4.9.6-11 and others)

[ Source: mira  ]

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.

The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.

The package provides the following executables: Binaries provided:

 * mira: for assembly of genome sequences
 * miramem: estimating memory needed to assemble projects.
 * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
 * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
   kinds of data related to sequence assembly files.

Tags: Role: Program

Інші пакунки пов'язані з mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++

• dep: libboost-iostreams1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  Бібліотека Boost.Iostreams

• dep: libboost-regex1.83.0-icu72 [sparc64]

  virtual package provided by libboost-regex1.83.0

• dep: libboost-system1.83.0 (>= 1.83.0) [sparc64]

  Operating system (e.g. diagnostics support) library

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libbz2-1.0 [sparc64]

  Стискання файлів за алгоритмом Барроуза-Уїлера — виконавчий модуль

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, arm64, ia64, sh4, x32]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  Бібліотека С для парсингу XML — бібліотека підтримки виконання

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, x32]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  extract of RFAM 12 rRNA database

• sug: mira-doc

  documentation for the mira assembler

Завантажити mira-assembler

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	4.9.6-11	2,591.6 kB	8,357.0 kB	[список файлів]
amd64	4.9.6-11	2,507.6 kB	7,996.0 kB	[список файлів]
arm64	4.9.6-11+b1	2,357.3 kB	7,264.0 kB	[список файлів]
armel	4.9.6-11	2,145.5 kB	7,031.0 kB	[список файлів]
armhf	4.9.6-11	2,102.0 kB	5,119.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	4.9.6-11	2,454.6 kB	7,599.0 kB	[список файлів]
i386	4.9.6-11	2,401.7 kB	8,227.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	4.9.6-11	3,535.0 kB	14,730.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	4.9.6-11	2,175.7 kB	7,707.0 kB	[список файлів]
mips64el	4.9.6-11	2,301.6 kB	8,737.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	4.9.6-11	2,395.3 kB	8,224.0 kB	[список файлів]
ppc64el	4.9.6-11	2,535.8 kB	8,096.0 kB	[список файлів]
riscv64	4.9.6-11	2,690.3 kB	6,472.0 kB	[список файлів]
s390x	4.9.6-11	1,967.3 kB	7,400.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	4.9.6-11	2,911.8 kB	6,749.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	4.9.6-11	1,985.1 kB	7,338.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	4.9.6-11+b1	2,747.6 kB	8,599.0 kB	[список файлів]