Pacote: mira-assembler (4.9.6-11 e outros)

[ Fonte: mira  ]

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.

The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.

The package provides the following executables: Binaries provided:

 * mira: for assembly of genome sequences
 * miramem: estimating memory needed to assemble projects.
 * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
 * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
   kinds of data related to sequence assembly files.

Etiquetas: Função: Programa

Outros pacotes relacionados a mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.83.0 (>= 1.83.0)

  filesystem operations (portable paths, iteration over directories, etc) in C++

• dep: libboost-thread1.83.0 (>= 1.83.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.34) [não alpha, arm64, ia64, loong64, sh4, sparc64, x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

  dep: libc6 (>= 2.38) [arm64, sparc64, x32]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  biblioteca C para analisar XML - biblioteca de execução

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64, sh4]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.3) [riscv64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  biblioteca de suporte ao GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não arm64, sparc64, x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  biblioteca de compressão - runtime (tempo de execução)

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  extract of RFAM 12 rRNA database

• sug: mira-doc

  documentation for the mira assembler

Download de mira-assembler

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	4.9.6-11	2,591.6 kB	8,357.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	4.9.6-11	2,507.6 kB	7,996.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	4.9.6-11+b1	2,357.3 kB	7,264.0 kB	[lista de arquivos]
armel	4.9.6-11	2,145.5 kB	7,031.0 kB	[lista de arquivos]
armhf	4.9.6-11	2,102.0 kB	5,119.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	4.9.6-11	2,454.6 kB	7,599.0 kB	[lista de arquivos]
i386	4.9.6-11	2,401.7 kB	8,227.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	4.9.6-11	3,535.0 kB	14,730.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	4.9.6-11	2,402.6 kB	7,460.0 kB	[lista de arquivos]
m68k (porte não oficial)	4.9.6-11	2,175.7 kB	7,707.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	4.9.6-11	2,301.6 kB	8,737.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	4.9.6-11	2,395.3 kB	8,224.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	4.9.6-11	2,535.8 kB	8,096.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	4.9.6-11	2,690.3 kB	6,472.0 kB	[lista de arquivos]
s390x	4.9.6-11	1,967.3 kB	7,400.0 kB	[lista de arquivos]
sh4 (porte não oficial)	4.9.6-11	2,911.8 kB	6,749.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	4.9.6-11+b1	2,122.3 kB	8,362.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	4.9.6-11+b1	2,747.6 kB	8,599.0 kB	[lista de arquivos]