Pacote: jellyfish1 (1.1.11-10 e outros)

[ Fonte: jellyfish1  ]

count k-mers in DNA sequences

JELLYFISH is a tool for fast, memory-efficient counting of k-mers in DNA. A k-mer is a substring of length k, and counting the occurrences of all such substrings is a central step in many analyses of DNA sequence. JELLYFISH can count k-mers using an order of magnitude less memory and an order of magnitude faster than other k-mer counting packages by using an efficient encoding of a hash table and by exploiting the "compare-and-swap" CPU instruction to increase parallelism.

JELLYFISH is a command-line program that reads FASTA and multi-FASTA files containing DNA sequences. It outputs its k-mer counts in an binary format, which can be translated into a human-readable text format using the "jellyfish dump" command.

This is the latest version of the 1.x series of jellyfish which is used by some other applications that are not compatible with version 2.x which is provided inside the jellyfish package.

Outros pacotes relacionados a jellyfish1

• dep: libc6 (>= 2.33) [ppc64, sparc64, x32]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.38) [amd64, arm64, hppa, mips64el, ppc64el, riscv64]

  dep: libc6 (>= 2.40) [loong64]

• dep: libc6.1 (>= 2.33) [alpha]

  GNU Biblioteca C: Bibliotecas compartilhadas
  também um pacote virtual fornecido por libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [não alpha, hppa, ia64, riscv64, sparc64]

  Biblioteca de suporte GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Biblioteca de suporte GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [alpha, ppc64, sparc64, x32]

  Biblioteca C++ padrão da GNU v3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [não alpha, ppc64, sparc64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  biblioteca para determinar a cadeia de chamadas de um programa - execução

• enh: kraken

  assigning taxonomic labels to short DNA sequences

Download de jellyfish1

Baixe para todas as arquiteturas disponíveis

Arquitetura	Versão	Tamanho do pacote	Tamanho instalado	Arquivos
alpha (porte não oficial)	1.1.11-7	134.2 kB	719.0 kB	[lista de arquivos]
amd64	1.1.11-10	137.3 kB	660.0 kB	[lista de arquivos]
arm64	1.1.11-10	129.9 kB	684.0 kB	[lista de arquivos]
hppa (porte não oficial)	1.1.11-10	156.0 kB	678.0 kB	[lista de arquivos]
ia64 (porte não oficial)	1.1.11-9	148.7 kB	939.0 kB	[lista de arquivos]
loong64 (porte não oficial)	1.1.11-10	122.6 kB	684.0 kB	[lista de arquivos]
mips64el	1.1.11-10	131.9 kB	774.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64 (porte não oficial)	1.1.11-7	136.8 kB	748.0 kB	[lista de arquivos]
ppc64el	1.1.11-10	137.3 kB	748.0 kB	[lista de arquivos]
riscv64	1.1.11-10	124.2 kB	584.0 kB	[lista de arquivos]
sparc64 (porte não oficial)	1.1.11-7	120.6 kB	644.0 kB	[lista de arquivos]
x32 (porte não oficial)	1.1.11-7	134.5 kB	615.0 kB	[lista de arquivos]