Package: salmon (0.12.0+ds1-1 and others)

[ Source: salmon  ]

Wicked-hurtig transskriptkvantificering fra RNA-seq-data

Salmon er et wicked-hurtigt program til at producere et meget præcist transkriptionsniveau for kvantificeringsestimater fra RNA-seq-data. Salmon opnår nøjagtighed og hastighed via en række forskellige innovationer, herunder brug af simple justeringer (nøjagtige men hurtige til at beregne proxyer til traditionel læsningssammenligninger) og massivt parallelt stokastisk sammenbrudt variationsinferens. Resultatet er et alsidigt værktøj, som passer fint ind i mange forskellige datakanaler. For eksempel kan du vælge at gøre brug af simple justeringer af at give Salmon

 rå sekventeringslæsninger, eller hvis det er mere praktisk kan du give

Salmon regelmæssige sammenligninger (f.eks. beregnet med din favoritsammenligner), og det vil bruge den samme wicked-hurtige og moderne inferensalgoritme til at estimere transkriptionsniveauer for dit eksperiment.

Other Packages Related to salmon

• dep: libboost-chrono1.67.0

  C++-repræsentaton af tidsvarighed, tidspunkt og ure

• dep: libboost-filesystem1.67.0

  Filsystemhandlinger (flytbare stier, iteration over mappere etc.) i C++

• dep: libboost-iostreams1.67.0

  Bibliotek for Boost.Iostreams

• dep: libboost-program-options1.67.0

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libboost-regex1.67.0 (>= 1.67.0-10)

  Regulært udtryksbibliotek for C++

• dep: libboost-system1.67.0

  bibliotek til operativsystem (eksempelvis diagnostisk understøttelse)

• dep: libboost-timer1.67.0

  C++-vægur og tidsmåler for CPU-processer

• dep: libbz2-1.0

  højkvalitets bloksorteringsfilpakningsbibliotek - kørselstid

• dep: libc6 (>= 2.14)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libdivsufsort3 (>= 2.0.1)

  Hurtig suffiks-tabelkonstruktion

• dep: libgcc1 (>= 1:3.4)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.2.1)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libjemalloc2 (>= 5.0.0)

  skalerbar og samtidig malloc(3)-implementering for mange formål

• dep: libjs-sphinxdoc (>= 1.0)

  JavaScript-understøttelse for Sphinx-dokumentation

• dep: liblzma5 (>= 5.1.1alpha+20110809)

  Kompressionsbibliotek for XZ-formatet

• dep: libstaden-read13

  Stadenbibliotek til at læse og skrive DNA-sekvensresultater

• dep: libstdc++6 (>= 7)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtbb2 (>= 2017~U7)

  parallelism library for C++ - runtime files

• dep: sphinx-rtd-theme-common (>= 0.4.2+dfsg)

  Sphinx-tema fra readthedocs.org - fælles filer

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download salmon

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	0.12.0+ds1-1+b1	1,322.1 kB	8,746.0 kB	[list of files]