Package: spades (3.13.0+dfsg2-2)

[ Source: spades  ]

Genomsamler for single-celle- og isolates-datasæt

SPAdes - St. Petersburg-genomsamleren er lavet for både isolates- og single-celle MDA-bateriesamlinger. Den fungerer med Illumina- eller IonTorrent-læsninger og kan tilbyde hybride samlinger, der bruger PacBio- og Sangerlæsninger. Du kan også tilbyde yderligere contigs, som vil blive brugt som lange læsninger.

Tags: Biology: Nucleic Acids, Field: Biology, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Implemented in: Python, User Interface: interface::commandline, role::program, Scope: Utility, Works with: works-with::biological-sequence, works-with::file

Other Packages Related to spades

• dep: bamtools

  Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner (sekvenssammenligner)

• dep: libc6 (>= 2.27)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.0)

  GCC støttebibliotek

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  GCC OpenMP-understøttelsesbibliotek (GOMP)

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.2.4)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: python

  Interaktivt objektorienteret sprog på højt niveau - Python 2-version

• dep: python-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python-yaml

  YAML-fortolker og udleder for Python

• dep: samtools

  Forarbejdning af sekvensopstillinger i SAM-, BAM- og CRAM-formater

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

Download spades

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	4,643.7 kB	23,056.0 kB	[list of files]