Package: bamtools (2.5.1+dfsg-3)

Links for bamtools

Debian Resources:

Download Source Package bamtools:

Maintainers:

Debian Med Packaging Team (QA Page, Mail Archive)
Michael R. Crusoe (QA Page)
Andreas Tille (QA Page)
Kevin Murray (QA Page)
Dominique Belhachemi (QA Page)

External Resources:

Homepage [github.com]

Similar packages:

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to bamtools

depends

recommends

suggests

enhances

dep: libbamtools2.5.1

Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)
dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
also a virtual package provided by libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]
dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [not armhf]

GCC støttebibliotek

dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]
dep: libjsoncpp1 (>= 1.7.4)

library for reading and writing JSON for C++
dep: libstdc++6 (>= 5.2)

GNU Standard C++ bibliotek v3

Download bamtools

Download for all available architectures
Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	166.8 kB	560.0 kB	[list of files]
arm64	155.2 kB	532.0 kB	[list of files]
armhf	147.0 kB	371.0 kB	[list of files]
i386	180.7 kB	611.0 kB	[list of files]