Пакет: spades (3.13.0+dfsg2-2)

[ Источник: spades  ]

genome assembler for single-cell and isolates data sets

The SPAdes – St. Petersburg genome assembler is intended for both standard isolates and single-cell MDA bacteria assemblies. It works with Illumina or IonTorrent reads and is capable of providing hybrid assemblies using PacBio and Sanger reads. You can also provide additional contigs that will be used as long reads.

Теги: Биология: Нуклеиновые кислоты, Область: Биология, field::biology:bioinformatics, implemented-in::c++, Реализовано на: Python, Пользовательский интерфейс: interface::commandline, role::program, Область: Утилита, Работает с: works-with::biological-sequence, works-with::file

Другие пакеты, относящиеся к spades

• dep: bamtools

  toolkit for manipulating BAM (genome alignment) files

• dep: bwa

  Burrows-Wheeler Aligner

• dep: libc6 (>= 2.27)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:4.0)

  вспомогательная библиотека GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  вспомогательная библиотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libhat-trie0

  HAT-trie, an extremely efficient (space and time) modern variant of tries

• dep: libnlopt0 (>= 2.2.4)

  nonlinear optimization library

• dep: libssw0

  fast SIMD parallelized implementation of the Smith-Waterman algorithm

• dep: libstdc++6 (>= 6)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: python

  интерактивный объектно-ориентированный язык высокого уровня (ветка 2.x)

• dep: python-joblib

  tools to provide lightweight pipelining in Python

• dep: python-yaml

  YAML parser and emitter for Python

• dep: samtools

  processing sequence alignments in SAM, BAM and CRAM formats

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.3.3)

  библиотека сжатия

Загрузка spades

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	4 643,7 Кб	23 056,0 Кб	[список файлов]