Package: seer (1.1.4-2 and others)

[ Source: seer  ]

Genomisk sekvenselementberigelsesanalyse (kmer)

Bakteriegener varierer meget, hvad angår både genindhold og gensekvens - denne plasticitet hæmmer brugen af traditionelle SNP-baserede metoder til identifikation af alle genetiske associationer med fænotypiske variation. SEER tilbyder en beregnet skalerbar og bredt gældende statistiskmetode til identifikation af sekvenselementer, der er væsentligt beriget i en fænotype af interesse. SEER gælder for selv titusindvis af genomer ved at tælle variabel-længde k-mers ved hjælp af en distribueret streng-mining algoritme. Robuste indstillinger tilbydes for associationsanalyse, der også korrigerer for klonal populationsstruktur af bakterier. Brug af store samlinger af genomer af det store humane patogen Streptococcus pneumoniae, SEER identificerer relevante tidligere karakteriserede resistensdeterminanter for flere antibiotika.

Other Packages Related to seer

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.100.6+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-program-options1.67.0

  bibliotek til programindstillinger for C++

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  Tilbyd funktionalitet for zlib C-bibliotek i en C++-iostrøm

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - kørselstidsfiler - seriel version

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libstdc++6 (>= 7)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Komprimeringsbibliotek - kørselstid

• sug: fsm-lite

  Frekvensbaseret strengminering - lite

Download seer

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.1.4-2+b2	397.1 kB	1,716.0 kB	[list of files]
arm64	1.1.4-2+b2	361.0 kB	1,568.0 kB	[list of files]
armhf	1.1.4-2+b2	320.1 kB	1,039.0 kB	[list of files]
i386	1.1.4-2+b2	405.3 kB	1,695.0 kB	[list of files]