Пакет: seer (1.1.4-2 и другие)

[ Источник: seer  ]

genomic sequence element (kmer) enrichment analysis

Bacterial genomes vary extensively in terms of both gene content and gene sequence - this plasticity hampers the use of traditional SNP-based methods for identifying all genetic associations with phenotypic variation. SEER provides a computationally scalable and widely applicable statistical method for the identification of sequence elements that are significantly enriched in a phenotype of interest. SEER is applicable to even tens of thousands of genomes by counting variable- length k-mers using a distributed string-mining algorithm. Robust options are provided for association analysis that also correct for the clonal population structure of bacteria. Using large collections of genomes of the major human pathogen Streptococcus pneumoniae, SEER identifies relevant previously characterised resistance determinants for several antibiotics.

Другие пакеты, относящиеся к seer

• dep: libarmadillo9 (>= 1:9.100.6+dfsg)

  streamlined C++ linear algebra library

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-program-options1.67.0

  program options library for C++

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64]

  dep: libc6 (>= 2.4) [armhf, i386]

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.2) [i386]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: libgzstream0 (>= 1.5+dfsg)

  provide functionality of zlib C-library in a C++ iostream

• dep: libhdf5-103

  Hierarchical Data Format 5 (HDF5) - runtime files - serial version

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libstdc++6 (>= 7)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libtext-csv-perl

  comma-separated values manipulator (using XS or PurePerl)

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  библиотека сжатия

• sug: fsm-lite

  frequency-based string mining (lite)

Загрузка seer

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Версия	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	1.1.4-2+b2	397,1 Кб	1 716,0 Кб	[список файлов]
arm64	1.1.4-2+b2	361,0 Кб	1 568,0 Кб	[список файлов]
armhf	1.1.4-2+b2	320,1 Кб	1 039,0 Кб	[список файлов]
i386	1.1.4-2+b2	405,3 Кб	1 695,0 Кб	[список файлов]