Pakiet: hhsuite (3.0~beta3+dfsg-3)

[ Pakiet źródłowy: hhsuite  ]

sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment

HH-suite is an open-source software package for sensitive protein sequence searching based on the pairwise alignment of hidden Markov models (HMMs).

This package contains HHsearch and HHblits among other programs and utilities.

HHsearch takes as input a multiple sequence alignment (MSA) or profile HMM and searches a database of HMMs (e.g. PDB, Pfam, or InterPro) for homologous proteins. HHsearch is often used for protein structure prediction to detect homologous templates and to build highly accurate query-template pairwise alignments for homology modeling.

HHblits can build high-quality MSAs starting from single sequences or from MSAs. It transforms these into a query HMM and, using an iterative search strategy, adds significantly similar sequences from the previous search to the updated query HMM for the next search iteration. Compared to PSI-BLAST, HHblits is faster, up to twice as sensitive and produces more accurate alignments.

Inne pakiety związane z hhsuite

• dep: ffindex (>= 0.9.9.8)

  Prosty indeks/baza danych dla ogromnych ilości małych plików

• dep: hhsuite-data (= 3.0~beta3+dfsg-3)

  sensitive protein sequence searching based on HMM-HMM alignment (data)

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Biblioteka GNU C: biblioteki współdzielone
  również pakiet wirtualny udostępniany przez libc6-udeb

• dep: libffindex0 (>= 0.9.9.9)

  library for simple index/database for huge amounts of small files

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0)

  Biblioteka wspomagająca GCC

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Biblioteka wspierająca GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Standardowa biblioteka GNU C++, wersja 3

• dep: python

  Interaktywny, wysokopoziomowy język obiektowy (wersja Python2)

Pobieranie hhsuite

Pobierz dla wszystkich dostępnych architektur

Architektura	Rozmiar pakietu	Rozmiar po instalacji	Pliki
amd64	1 007,9 KiB	7 803,0 KiB	[lista plików]