Package: bamtools (2.5.1+dfsg-9)

[ Source: bamtools  ]

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to bamtools

• dep: libbamtools2.5.1 (>= 2.5.1+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.14) [amd64]

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.17) [arm64, ppc64el]

  dep: libc6 (>= 2.4) [not amd64, arm64, ppc64el]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libjsoncpp24 (>= 1.9.4)

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libstdc++6 (>= 5.2) [armel, armhf]

  GNU Standard C++ bibliotek v3

  dep: libstdc++6 (>= 9) [not armel, armhf]

Download bamtools

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	178.7 kB	598.0 kB	[list of files]
arm64	153.2 kB	534.0 kB	[list of files]
armel	147.1 kB	509.0 kB	[list of files]
armhf	154.9 kB	393.0 kB	[list of files]
i386	190.4 kB	629.0 kB	[list of files]
mips64el	146.2 kB	652.0 kB	[list of files]
mipsel	147.5 kB	635.0 kB	[list of files]
ppc64el	174.3 kB	666.0 kB	[list of files]
s390x	152.2 kB	586.0 kB	[list of files]