Package: bamtools (2.5.2+dfsg-6 and others)

[ Source: bamtools  ]

Værktøjssæt for manipulering af BAM-filer - sammenligning af arvemasser

BamTools faciliterer forskningsanalyse og datahåndtering med brug af BAM-filer. Værktøjet håndterer de enorme datamængder lavet af nuværende sekvensteknologier, som typisk lagres i komprimerede, binære formater, som ikke nemt håndteres af tekstbaserede fortolkere ofte brugt i forskning indenfor bioinformatik.

BamTools tilbyder både en C++-API for BAM-filunderstøttelse samt et værktøjssæt for kommandolinjen.

Dette er værktøjssættet til kommandolinjen for bamtools.

Tilgængelige kommandoer for bamtools:

 convert  Konverterer mellem BAM og et antal andre formater
 count    Udskriver antallet af sammenligninger i BAM-filer
 coverage Udskriver dækningsstatistik fra inddata-BAM-filen
 filter   Filtrerer BAM-filer efter kriterier angivet af brugeren
 header   Udskriver BAM-teksthovedinformation
 index    Opretter indeks for BAM-fil
 merge    Sammenføj flere BAM-filer til en enkel fil
 random   Vælg vilkårlige sammenligninger fra eksisterende BAM-filer,
          lavet mere som et testværktøj.
 resolve  Slår parret ende-læsninger op (markerer IsProperPair-flaget
          efter behov)
 revert   Fjerner duplikerede mærker og gendanner originale
          basiskvaliteter
 sort     Sorterer BAM-filen jævnfør nogle kriterier
 split    Deler en BAM-fil på brugerangivne egenskab, opretter en ny
          BAM-uddatafil for hver fundet værdi
 stats    Udskriver lidt grundlæggende statistik fra inddata-BAM-filer

Tags: Implemented in: C++, Role: Program

Other Packages Related to bamtools

• dep: libbamtools2.5.2 (>= 2.5.2+dfsg)

  Dynamisk bibliotek til at manipulere BAM-filer (genomsammenligning)

• dep: libc6 (>= 2.38)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, riscv64]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [riscv64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libjsoncpp26 (>= 1.9.6)

  Bibliotek til at læse og skrive JSON for C++

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

Download bamtools

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	2.5.2+dfsg-6+b1	201.7 kB	690.0 kB	[list of files]
arm64	2.5.2+dfsg-6+b1	168.9 kB	662.0 kB	[list of files]
armel	2.5.2+dfsg-6+b1	165.7 kB	569.0 kB	[list of files]
armhf	2.5.2+dfsg-6+b1	173.5 kB	433.0 kB	[list of files]
i386	2.5.2+dfsg-6+b1	213.7 kB	717.0 kB	[list of files]
mips64el	2.5.2+dfsg-6+b1	160.1 kB	752.0 kB	[list of files]
ppc64el	2.5.2+dfsg-6+b1	193.1 kB	790.0 kB	[list of files]
riscv64	2.5.2+dfsg-6+b1	189.6 kB	498.0 kB	[list of files]
s390x	2.5.2+dfsg-6+b1	189.3 kB	666.0 kB	[list of files]