Package: prime-phylo (1.0.11-10)

[ Source: prime-phylo  ]

Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) er en pakke, der understøtter slutning af evolutionære parametre i en bayesiansk ramme ved hjælp af Markov-kædens Monte Carlo-simulering. Et kendetegn ved PriME er, at artstræet tages i betragtning ved analyse af gentræer.

Inddataene for PrIME er en flersekvenssammenligning i formatet FASTA og resultatet indeholder træer i formatet Newick.

Other Packages Related to prime-phylo

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++-grænseflade til Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  Serialiseringsbibliotek for C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  XML-bibliotek til GNOME

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• sug: mrbayes

  Bayesiansk inferens for fylogeni

• sug: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• sug: njplot

  Fylogenetisk trætegningsprogram

• sug: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• sug: probalign

  Multiple sekvensjustering med brug partitionsfunktionel posteriore sandsynligheder

• sug: python3-biopython

  Python 3-bibliotek for bioinformatik

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• sug: treeviewx

  Viser og udskriver fylogenetiske træer

Download prime-phylo

Download for all available architectures

Architecture	Package Size	Installed Size	Files
amd64	806.5 kB	3,148.0 kB	[list of files]
arm64	718.7 kB	2,956.0 kB	[list of files]
armel	677.1 kB	2,533.0 kB	[list of files]
armhf	691.6 kB	2,013.0 kB	[list of files]
i386	869.1 kB	3,137.0 kB	[list of files]
mips64el	686.7 kB	3,525.0 kB	[list of files]
mipsel	691.5 kB	3,255.0 kB	[list of files]
ppc64el	812.1 kB	3,828.0 kB	[list of files]
s390x	719.0 kB	3,176.0 kB	[list of files]