Package: prime-phylo (1.0.11-7 and others)

[ Source: prime-phylo  ]

Bayesiansk estimation af gentræer der tager højde for artstræet

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) er en pakke, der understøtter slutning af evolutionære parametre i en bayesiansk ramme ved hjælp af Markov-kædens Monte Carlo-simulering. Et kendetegn ved PriME er, at artstræet tages i betragtning ved analyse af gentræer.

Inddataene for PrIME er en flersekvenssammenligning i formatet FASTA og resultatet indeholder træer i formatet Newick.

Other Packages Related to prime-phylo

• dep: libblas3

  Grundlæggende reference-implementeringer til lineær algebra, delt bibliotek

  or libblas.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, libblas3, libblis2-openmp, libblis2-pthread, libblis2-serial, libopenblas-base

• dep: libboost-mpi1.67.0

  C++-grænseflade til Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.67.0

  Serialiseringsbibliotek for C++

• dep: libc6 (>= 2.23)

  GNU C-bibliotek: Delte biblioteker
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc1 (>= 1:3.0) [amd64, i386]

  GCC støttebibliotek

  dep: libgcc1 (>= 1:3.5) [armhf]

  dep: libgcc1 (>= 1:4.5) [arm64]

• dep: liblapack3

  Bibliotek for lineære algebrarutiner 3 - delt version

  or liblapack.so.3

  virtual package provided by libatlas3-base, liblapack3, libopenblas-base

• dep: libopenmpi3

  Bibliotek til beskedvideresendelse med høj ydelse - delt bibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  GNU Standard C++ bibliotek v3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  XML-bibliotek til GNOME

• dep: perl

  Larry Walls praktiske uddragnings- og rapportsprog (Perl)

• sug: mafft

  Program til justering af flere aminosyrer eller nukleotide sekvenser

• sug: mrbayes

  Bayesiansk inferens for fylogeni

• sug: muscle

  Flerjusteringsprogram for proteinsekvenser

• sug: njplot

  Fylogenetisk trætegningsprogram

• sug: phyml

  Fylogenisk estimering der bruger maksimum lIkelihood

• sug: probalign

  Multiple sekvensjustering med brug partitionsfunktionel posteriore sandsynligheder

• sug: python-biopython

  Pythonbibliotek for bioinformatikere - implementeret i Python 2

• sug: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood for pylogenetiske træer

• sug: treeviewx

  Viser og udskriver fylogenetiske træer

Download prime-phylo

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
amd64	1.0.11-7+b1	829.7 kB	3,460.0 kB	[list of files]
arm64	1.0.11-7+b1	744.5 kB	3,279.0 kB	[list of files]
armhf	1.0.11-7+b1	664.1 kB	1,929.0 kB	[list of files]
i386	1.0.11-7+b1	896.0 kB	3,413.0 kB	[list of files]