Пакет: prime-phylo (1.0.11-10)

[ Источник: prime-phylo  ]

bayesian estimation of gene trees taking the species tree into account

PrIME (Probabilistic Integrated Models of Evolution) is a package supporting inference of evolutionary parameters in a Bayesian framework using Markov chain Monte Carlo simulation. A distinguishing feature of PrIME is that the species tree is taken into account when analyzing gene trees.

The input data to PrIME is a multiple sequence alignment in FASTA format and the output data contains trees in Newick format.

Другие пакеты, относящиеся к prime-phylo

• dep: libblas3

  реализация алгоритмов линейной алгебры — библиотека

  или libblas.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, libblas3, libblis4-openmp, libblis4-pthread, libblis4-serial, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libboost-mpi1.74.0 (>= 1.74.0)

  C++ interface to the Message Passing Interface (MPI)

• dep: libboost-serialization1.74.0 (>= 1.74.0)

  serialization library for C++

• dep: libc6 (>= 2.29)

  библиотека GNU C: динамически подключаемые библиотеки
  также виртуальный пакет, предоставляемый libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, i386, mipsel, s390x]

  вспомогательная библиотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4.4) [ppc64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.5) [arm64, mips64el]

• dep: liblapack3

  библиотека подпрограмм линейной алгебры вер. 3 — динамическая версия

  или liblapack.so.3

  виртуальный пакет, предоставляемый libatlas3-base, liblapack3, libopenblas0-openmp, libopenblas0-pthread, libopenblas0-serial

• dep: libopenmpi3 (>= 4.1.0)

  high performance message passing library -- shared library

• dep: libstdc++6 (>= 9)

  стандартная библиотека GNU C++ версии 3

• dep: libxml2 (>= 2.7.4)

  библиотека для работы с XML (GNOME)

• dep: perl

  практический язык Ларри Уолла для извлечения данных и составления отчётов

• sug: mafft

  Multiple alignment program for amino acid or nucleotide sequences

• sug: mrbayes

  Bayesian Inference of Phylogeny

• sug: muscle

  Multiple alignment program of protein sequences

• sug: njplot

  phylogenetic tree drawing program

• sug: phyml

  Phylogenetic estimation using Maximum Likelihood

• sug: probalign

  multiple sequence alignment using partition function posterior probabilities

• sug: python3-biopython

  Python3 library for bioinformatics

• sug: raxml

  синтез филогенетических деревьев по методу максимального правдоподобия

• sug: treeviewx

  Displays and prints phylogenetic trees

Загрузка prime-phylo

Загрузить для всех доступных архитектур

Архитектура	Размер пакета	В установленном виде	Файлы
amd64	806,5 Кб	3 148,0 Кб	[список файлов]
arm64	718,7 Кб	2 956,0 Кб	[список файлов]
armel	677,1 Кб	2 533,0 Кб	[список файлов]
armhf	691,6 Кб	2 013,0 Кб	[список файлов]
i386	869,1 Кб	3 137,0 Кб	[список файлов]
mips64el	686,7 Кб	3 525,0 Кб	[список файлов]
mipsel	691,5 Кб	3 255,0 Кб	[список файлов]
ppc64el	812,1 Кб	3 828,0 Кб	[список файлов]
s390x	719,0 Кб	3 176,0 Кб	[список файлов]