Package: sim4 (0.0.20121010-8 and others)
Links for sim4
Debian Resources:
Download Source Package sim4:
Maintainers:
External Resources:
- Homepage [globin.bx.psu.edu]
Similar packages:
Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA
sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).
sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.
Other Packages Related to sim4
|
|
|
|
-
- dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, ia64, riscv64, sh4]
- Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
also a virtual package provided by libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
-
- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
also a virtual package provided by libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
Download sim4
Architecture | Version | Package Size | Installed Size | Files |
---|---|---|---|---|
alpha (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 354.4 kB | 1,391.0 kB | [list of files] |
amd64 | 0.0.20121010-8 | 350.8 kB | 1,371.0 kB | [list of files] |
arm64 | 0.0.20121010-8 | 346.8 kB | 1,363.0 kB | [list of files] |
armel | 0.0.20121010-8 | 346.0 kB | 1,362.0 kB | [list of files] |
armhf | 0.0.20121010-8 | 344.3 kB | 1,334.0 kB | [list of files] |
hppa (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.0 kB | 1,362.0 kB | [list of files] |
i386 | 0.0.20121010-8 | 353.0 kB | 1,378.0 kB | [list of files] |
ia64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 364.7 kB | 1,452.0 kB | [list of files] |
m68k (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 340.8 kB | 1,350.0 kB | [list of files] |
mips64el | 0.0.20121010-8 | 350.1 kB | 1,379.0 kB | [list of files] |
ppc64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 355.7 kB | 1,408.0 kB | [list of files] |
ppc64el | 0.0.20121010-8 | 356.3 kB | 1,407.0 kB | [list of files] |
riscv64 | 0.0.20121010-8+b1 | 352.4 kB | 1,355.0 kB | [list of files] |
s390x | 0.0.20121010-8 | 349.9 kB | 1,375.0 kB | [list of files] |
sh4 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.8 kB | 1,342.0 kB | [list of files] |
sparc64 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 345.9 kB | 1,369.0 kB | [list of files] |
x32 (unofficial port) | 0.0.20121010-8 | 349.6 kB | 1,366.0 kB | [list of files] |