Package: sim4 (0.0.20121010-8 and others)

[ Source: sim4  ]

Nástroj pro uspořádání cDNA a genomu DNA

sim4 je nástroj založený na podobnosti sloužící k uspořádání nějak vyjádřené sekvence DNA (EST, cDNA, mRNA) s genomovou sekvencí daného genu. Také detekuje konec shody jakmile se dvě vstupní sekvence překrývají na konci jedné (např. začátek jedné sekvence překrývá konec sekvence jiné).

sim4 využívá techniky blast a pomocí ní určí základní bloky reprezentující "jádra exon". Nejprve detekuje možné přesné shody W-méru (např. slova DNA o velikosti W) mezi dvěma sekvencemi a rozšíří je na maximální skórovací segmenty bez mezer. V druhé fázi jsou exonová jádra rozšířena o sousední dosud nepostižené fragmenty pomocí hladového algoritmu uspořádání. Dál se využije heuristika, která nalezne odpovídající si páry (GT-AG, CT-AC). Je-li to nutné, proces se zopakuje na dříve nepostižených částech s méně přísnými podmínkami.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, use::searching, Supports Format: Need an extra tag, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

Other Packages Related to sim4

• dep: libc6 (>= 2.29) [not alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

  dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]

• dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

  Knihovna GNU C: Sdílené knihovny
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

Download sim4

Download for all available architectures

Architecture	Version	Package Size	Installed Size	Files
alpha (unofficial port)	0.0.20121010-8	354.4 kB	1,391.0 kB	[list of files]
amd64	0.0.20121010-8	350.8 kB	1,371.0 kB	[list of files]
arm64	0.0.20121010-8+b1	348.0 kB	1,407.0 kB	[list of files]
armel	0.0.20121010-8	346.0 kB	1,362.0 kB	[list of files]
armhf	0.0.20121010-8	344.3 kB	1,334.0 kB	[list of files]
hppa (unofficial port)	0.0.20121010-8	349.0 kB	1,362.0 kB	[list of files]
i386	0.0.20121010-8	353.0 kB	1,378.0 kB	[list of files]
ia64 (unofficial port)	0.0.20121010-8	364.7 kB	1,452.0 kB	[list of files]
m68k (unofficial port)	0.0.20121010-8	340.8 kB	1,350.0 kB	[list of files]
mips64el	0.0.20121010-8	350.1 kB	1,379.0 kB	[list of files]
ppc64 (unofficial port)	0.0.20121010-8	355.7 kB	1,408.0 kB	[list of files]
ppc64el	0.0.20121010-8	356.3 kB	1,407.0 kB	[list of files]
riscv64	0.0.20121010-8+b1	352.4 kB	1,355.0 kB	[list of files]
s390x	0.0.20121010-8	349.9 kB	1,375.0 kB	[list of files]
sh4 (unofficial port)	0.0.20121010-8	349.8 kB	1,342.0 kB	[list of files]
sparc64 (unofficial port)	0.0.20121010-8	345.9 kB	1,369.0 kB	[list of files]
x32 (unofficial port)	0.0.20121010-8	349.6 kB	1,366.0 kB	[list of files]