パッケージ: sim4 (0.0.20121010-8 など)
cDNA とゲノム DNA の整列用ツール
sim4 は、発現 DNA 配列 (EST, cDNA, mRNA) をその遺伝子のゲノム配列に整列 (アラ イメント) するための類似度ベースのツールです。二つの入力配列が片方の端で重 なる (すなわち、一つの配列の開始位置がもう一方の終了位置に重なる) 時に終端 の一致も検知します。
sim4 は blast ベースの技術を利用し、最初に "エクソンコア" を表す基本的な マッチングブロックを決定します。第一段階では、二つの配列間で W-mers (すなわ ちサイズ W の DNA ワード) のあり得る全ての完全一致を検出し、それらを最大ス コアのギャップ無しセグメントに拡張します。第二段階では、貪欲アライメントア ルゴリズムを用いて、エクソンコアを隣接するまだ一致していない断片に拡張しま す。そして、スプライス部位認識シグナル (GT-AG, CT-AC) に合致する配置を優先 するように発見的手法が利用されます。もし必要であれば、一致しなかった断片に 対して、厳密さのより小さいパラメータを使ってそのプロセスを繰り返します。
その他の sim4 関連パッケージ
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- dep: libc6 (>= 2.29) [alpha, ia64, riscv64, sh4 以外]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb
- dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]
- dep: libc6 (>= 2.34) [riscv64]
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- dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]
- GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb
- dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]
sim4 のダウンロード
アーキテクチャ | バージョン | パッケージサイズ | インストールサイズ | ファイル |
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alpha (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 354.4 kB | 1,391.0 kB | [ファイル一覧] |
amd64 | 0.0.20121010-8 | 350.8 kB | 1,371.0 kB | [ファイル一覧] |
arm64 | 0.0.20121010-8 | 346.8 kB | 1,363.0 kB | [ファイル一覧] |
armel | 0.0.20121010-8 | 346.0 kB | 1,362.0 kB | [ファイル一覧] |
armhf | 0.0.20121010-8 | 344.3 kB | 1,334.0 kB | [ファイル一覧] |
hppa (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 349.0 kB | 1,362.0 kB | [ファイル一覧] |
i386 | 0.0.20121010-8 | 353.0 kB | 1,378.0 kB | [ファイル一覧] |
ia64 (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 364.7 kB | 1,452.0 kB | [ファイル一覧] |
m68k (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 340.8 kB | 1,350.0 kB | [ファイル一覧] |
mips64el | 0.0.20121010-8 | 350.1 kB | 1,379.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64 (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 355.7 kB | 1,408.0 kB | [ファイル一覧] |
ppc64el | 0.0.20121010-8 | 356.3 kB | 1,407.0 kB | [ファイル一覧] |
riscv64 | 0.0.20121010-8+b1 | 352.4 kB | 1,355.0 kB | [ファイル一覧] |
s390x | 0.0.20121010-8 | 349.9 kB | 1,375.0 kB | [ファイル一覧] |
sh4 (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 349.8 kB | 1,342.0 kB | [ファイル一覧] |
sparc64 (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 345.9 kB | 1,369.0 kB | [ファイル一覧] |
x32 (非公式の移植版) | 0.0.20121010-8 | 349.6 kB | 1,366.0 kB | [ファイル一覧] |