パッケージ: sim4 (0.0.20121010-8 など)

sim4 に関するリンク

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メンテナ:

外部の資源:

ホームページ [globin.bx.psu.edu]

類似のパッケージ:

cDNA とゲノム DNA の整列用ツール

sim4 は、発現 DNA 配列 (EST, cDNA, mRNA) をその遺伝子のゲノム配列に整列 (アライメント) するための類似度ベースのツールです。二つの入力配列が片方の端で重なる (すなわち、一つの配列の開始位置がもう一方の終了位置に重なる) 時に終端の一致も検知します。

sim4 は blast ベースの技術を利用し、最初に "エクソンコア" を表す基本的なマッチングブロックを決定します。第一段階では、二つの配列間で W-mers (すなわちサイズ W の DNA ワード) のあり得る全ての完全一致を検出し、それらを最大スコアのギャップ無しセグメントに拡張します。第二段階では、貪欲アライメントアルゴリズムを用いて、エクソンコアを隣接するまだ一致していない断片に拡張します。そして、スプライス部位認識シグナル (GT-AG, CT-AC) に合致する配置を優先するように発見的手法が利用されます。もし必要であれば、一致しなかった断片に対して、厳密さのより小さいパラメータを使ってそのプロセスを繰り返します。

タグ: 分野: 生物学, バイオインフォマティクス, 実装言語: implemented-in::c, interface::commandline, 役割: プログラム, 対象範囲: ユーティリティ, 目的: use::comparing, use::searching, サポート形式: 追加のタグが必要, works-with-format::plaintext, works-with::TODO

その他の sim4 関連パッケージ

依存

推奨

提案

enhances

dep: libc6 (>= 2.29) [alpha, arm64, ia64, riscv64, sh4 以外]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6-udeb

dep: libc6 (>= 2.31) [sh4]

dep: libc6 (>= 2.34) [arm64, riscv64]
dep: libc6.1 (>= 2.29) [alpha]

GNU C ライブラリ: 共有ライブラリ
以下のパッケージによって提供される仮想パッケージでもあります: libc6.1-udeb

dep: libc6.1 (>= 2.31) [ia64]

sim4 のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード
アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	354.4 kB	1,391.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.0.20121010-8	350.8 kB	1,371.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.0.20121010-8+b1	348.0 kB	1,407.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.0.20121010-8	346.0 kB	1,362.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.0.20121010-8	344.3 kB	1,334.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	349.0 kB	1,362.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.0.20121010-8	353.0 kB	1,378.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	364.7 kB	1,452.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	340.8 kB	1,350.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.0.20121010-8	350.1 kB	1,379.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	355.7 kB	1,408.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.0.20121010-8	356.3 kB	1,407.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.0.20121010-8+b1	352.4 kB	1,355.0 kB	[ファイル一覧]
s390x	0.0.20121010-8	349.9 kB	1,375.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	349.8 kB	1,342.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	345.9 kB	1,369.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.0.20121010-8	349.6 kB	1,366.0 kB	[ファイル一覧]