Пакет: ska (1.0+dfsg-2)

[ Източник: ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Други пакети, свързани с ska

• dep: libc6 (>= 2.34)

  GNU C Library: Shared libraries
  също и виртуален пакет, предлаган от libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC support library

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  GNU Standard C++ Library v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  compression library - runtime

Изтегляне на ska

Изтегляне за всички налични архитектури

Архитектура	Големина на пакета	Големина след инсталиране	Файлове
amd64	130,9 кБ	377,0 кБ	[списък на файловете]
arm64	112,3 кБ	337,0 кБ	[списък на файловете]
armel	111,1 кБ	336,0 кБ	[списък на файловете]
armhf	116,6 кБ	272,0 кБ	[списък на файловете]
i386	137,1 кБ	412,0 кБ	[списък на файловете]
mips64el	114,8 кБ	449,0 кБ	[списък на файловете]
mipsel	117,6 кБ	443,0 кБ	[списък на файловете]
ppc64el	129,4 кБ	465,0 кБ	[списък на файловете]
s390x	117,7 кБ	385,0 кБ	[списък на файловете]