Balík: ska (1.0+dfsg-2)

[ Zdroj: ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Ostatné balíky súvisiace s balíkom ska

• dep: libc6 (>= 2.34)

  knižnica GNU C - zdieľané knižnice
  tiež virtuálny balík poskytovaný balíkom libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  podporná knižnica GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [amd64, mips64el]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  štandardná knižnica C++ GNU v3

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  komprimačná knižnica - dynamická verzia

Stiahnuť ska

Stiahnuť pre všetky dostupné architektúry

Architektúra	Veľkosť balíka	Nainštalovaná veľkosť	Súbory
amd64	130.9 kB	377.0 kB	[zoznam súborov]
arm64	112.3 kB	337.0 kB	[zoznam súborov]
armel	111.1 kB	336.0 kB	[zoznam súborov]
armhf	116.6 kB	272.0 kB	[zoznam súborov]
i386	137.1 kB	412.0 kB	[zoznam súborov]
mips64el	114.8 kB	449.0 kB	[zoznam súborov]
mipsel	117.6 kB	443.0 kB	[zoznam súborov]
ppc64el	129.4 kB	465.0 kB	[zoznam súborov]
s390x	117.7 kB	385.0 kB	[zoznam súborov]