套件：yanosim（0.1-6 以及其他的）

[ 原始碼： yanosim  ]

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

其他與 yanosim 有關的套件

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

下載 yanosim

下載可用於所有硬體架構的

硬體架構	版本	套件大小	安裝後大小	檔案
alpha （非官方移植版）	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
amd64	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
arm64	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
armel	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
armhf	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
hppa （非官方移植版）	0.1-2	9。1 kB	45。0 kB	[檔案列表]
i386	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
ia64 （非官方移植版）	0.1-5	9。4 kB	45。0 kB	[檔案列表]
m68k （非官方移植版）	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
mips64el	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
ppc64 （非官方移植版）	0.1-2	9。1 kB	45。0 kB	[檔案列表]
ppc64el	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
riscv64	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
sh4 （非官方移植版）	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]
sparc64 （非官方移植版）	0.1-2	9。1 kB	45。0 kB	[檔案列表]
x32 （非官方移植版）	0.1-6	9。5 kB	45。0 kB	[檔案列表]