パッケージ: yanosim (0.1-6 など)

[ ソース: yanosim  ]

read simulator nanopore DRS datasets

Yanosim has three options:

1. yanosim model:

   Creates an model of mismatches, insertions and deletions
   based on an alignment of nanopore DRS reads to a
   reference. Reads should be aligned to a transcriptome
   i.e. without spliced alignment, using minimap2. They
   should have the cs tag.

2. yanosim quantify:

   Quantify the number of reads mapping to each
   transcript in a reference, so that the right number
   of reads can be simulated.

3. yanosim simulate:

   Given a model created using yanosim model, and
   per-transcript read counts created using yanosim
   simulate, simulate error-prone long-reads from the
   given fasta file.

その他の yanosim 関連パッケージ

• dep: python3

  interactive high-level object-oriented language (default python3 version)

• dep: python3-click

  Command-Line Interface Creation Kit - Python 3.x

• dep: python3-numpy

  Python library for numerical computations (Python 3)

• dep: python3-pysam

  interface for the SAM/BAM sequence alignment and mapping format (Python 3)

• dep: python3-scipy

  scientific tools for Python 3

yanosim のダウンロード

すべての利用可能アーキテクチャ向けのダウンロード

アーキテクチャ	バージョン	パッケージサイズ	インストールサイズ	ファイル
alpha (非公式の移植版)	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
amd64	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
arm64	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
armel	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
armhf	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
hppa (非公式の移植版)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
i386	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
ia64 (非公式の移植版)	0.1-5	9.4 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
m68k (非公式の移植版)	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
mips64el	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64 (非公式の移植版)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
ppc64el	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
riscv64	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
sh4 (非公式の移植版)	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
sparc64 (非公式の移植版)	0.1-2	9.1 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]
x32 (非公式の移植版)	0.1-6	9.5 kB	45.0 kB	[ファイル一覧]