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locate and display tandem repeats in DNA sequences

A tandem repeat in DNA is two or more adjacent, approximate copies of a pattern of nucleotides. Tandem Repeats Finder is a program to locate and display tandem repeats in DNA sequences. In order to use the program, the user submits a sequence in FASTA format. There is no need to specify the pattern, the size of the pattern or any other parameter. The output consists of two files: a repeat table file and an alignment file. The repeat table, viewable in a web browser, contains information about each repeat, including its location, size, number of copies and nucleotide content. Clicking on the location indices for one of the table entries opens a second browser page that shows an alignment of the copies against a consensus pattern. The program is very fast, analyzing sequences on the order of .5Mb in just a few seconds. Submitted sequences may be of arbitrary length. Repeats with pattern size in the range from 1 to 2000 bases are detected.

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arm64 4.09.1-6+b1 53。5 kB184。0 kB [檔案列表]
armel 4.09.1-6 55。4 kB182。0 kB [檔案列表]
armhf 4.09.1-6 53。0 kB182。0 kB [檔案列表]
hppa (非官方移植版) 4.09.1-6 54。3 kB159。0 kB [檔案列表]
i386 4.09.1-6 55。7 kB166。0 kB [檔案列表]
ia64 (非官方移植版) 4.09.1-6 68。7 kB231。0 kB [檔案列表]
m68k (非官方移植版) 4.09.1-6 51。6 kB158。0 kB [檔案列表]
mips64el 4.09.1-6 55。3 kB187。0 kB [檔案列表]
ppc64 (非官方移植版) 4.09.1-6 58。6 kB183。0 kB [檔案列表]
ppc64el 4.09.1-6 58。0 kB183。0 kB [檔案列表]
riscv64 4.09.1-6+b1 55。4 kB148。0 kB [檔案列表]
s390x 4.09.1-6 53。8 kB163。0 kB [檔案列表]
sh4 (非官方移植版) 4.09.1-6 59。4 kB182。0 kB [檔案列表]
sparc64 (非官方移植版) 4.09.1-6 53。6 kB1,080。0 kB [檔案列表]
x32 (非官方移植版) 4.09.1-6 54。8 kB154。0 kB [檔案列表]