Пакунок: mira-assembler (4.9.6-7 and others)

[ Source: mira  ]

Whole Genome Shotgun and EST Sequence Assembler

The mira genome fragment assembler is a specialised assembler for sequencing projects classified as 'hard' due to high number of similar repeats. For expressed sequence tags (ESTs) transcripts, miraEST is specialised on reconstructing pristine mRNA transcripts while detecting and classifying single nucleotide polymorphisms (SNP) occurring in different variations thereof.

The assembler is routinely used for such various tasks as mutation detection in different cell types, similarity analysis of transcripts between organisms, and pristine assembly of sequences from various sources for oligo design in clinical microarray experiments.

The package provides the following executables: Binaries provided:

 * mira: for assembly of genome sequences
 * miramem: estimating memory needed to assemble projects.
 * mirabait: a "grep" like tool to select reads with kmers up to 256 bases.
 * miraconvert: is a tool to convert, extract and sometimes recalculate all
   kinds of data related to sequence assembly files.

Tags: Role: Program

Інші пакунки пов'язані з mira-assembler

• dep: libboost-filesystem1.74.0 (>= 1.74.0)

  Операції з файловою системою (переносимі шляхи, операції з теками тощо) на Сі++

• dep: libboost-regex1.74.0-icu72

  virtual package provided by libboost-regex1.74.0

• dep: libboost-thread1.74.0 (>= 1.74.0)

  portable C++ multi-threading

• dep: libc6 (>= 2.34)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libexpat1 (>= 2.0.1)

  Бібліотека С для парсингу XML — бібліотека підтримки виконання

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf, i386, mipsel]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, mipsel]

• dep: libgomp1 (>= 4.9)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libstdc++6 (>= 11)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: zlib1g (>= 1:1.2.6)

  Бібліотека стискання даних (виконавчий модуль)

• rec: mira-rfam-12s-rrna

  extract of RFAM 12 rRNA database

• sug: mira-doc

  documentation for the mira assembler

Завантажити mira-assembler

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	4.9.6-7+b2	2,378.9 kB	7,508.0 kB	[список файлів]
arm64	4.9.6-7+b2	2,146.4 kB	6,620.0 kB	[список файлів]
armel	4.9.6-7+b1	2,015.9 kB	6,681.0 kB	[список файлів]
armhf	4.9.6-7+b2	1,990.3 kB	4,889.0 kB	[список файлів]
i386	4.9.6-7+b2	2,311.2 kB	7,925.0 kB	[список файлів]
mips64el	4.9.6-7+b2	2,226.9 kB	8,459.0 kB	[список файлів]
mipsel	4.9.6-7+b2	2,290.9 kB	8,551.0 kB	[список файлів]
ppc64el	4.9.6-7+b2	2,452.7 kB	7,772.0 kB	[список файлів]
s390x	4.9.6-7+b1	1,928.3 kB	7,272.0 kB	[список файлів]