Пакунок: dnaclust (3-7 and others)

[ Source: dnaclust  ]

tool for clustering millions of short DNA sequences

dnaclust is a tool for clustering large number of short DNA sequences. The clusters are created in such a way that the "radius" of each clusters is no more than the specified threshold.

The input sequences to be clustered should be in Fasta format. The id of each sequence is based on the first word of the seqeunce in the Fasta format. The first word is the prefix of the header up to the first occurrence of white space characters in the header.

Tags: Biology: Fasta/Pearson, Nucleic Acids, Field: field::biology, field::biology:bioinformatics, Implemented in: C++, Role: role::program, works-with::biological-sequence

Інші пакунки пов'язані з dnaclust

• dep: libboost-program-options1.74.0 (>= 1.74.0) [riscv64]

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libboost-program-options1.83.0 (>= 1.83.0) [not riscv64]

  Бібліотека параметрів програми на Сі++

• dep: libc6 (>= 2.34) [not alpha, ia64, loong64, sh4]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [loong64, sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [amd64, arm64, i386, loong64, mips64el, ppc64, ppc64el, s390x, x32]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, riscv64, sh4, sparc64]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  Допоміжна бібліотека GCC

• dep: libstdc++6 (>= 11) [riscv64]

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

  dep: libstdc++6 (>= 13.1) [not arm64, riscv64, x32]

  dep: libstdc++6 (>= 14) [arm64, x32]

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

Завантажити dnaclust

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Версія	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
alpha (unofficial port)	3-7+b4	109.6 kB	735.0 kB	[список файлів]
amd64	3-7+b3	111.9 kB	681.0 kB	[список файлів]
arm64	3-7+b5	104.7 kB	733.0 kB	[список файлів]
armel	3-7+b3	101.5 kB	646.0 kB	[список файлів]
armhf	3-7+b3	101.2 kB	582.0 kB	[список файлів]
hppa (unofficial port)	3-7+b3	107.5 kB	672.0 kB	[список файлів]
i386	3-7+b3	115.6 kB	678.0 kB	[список файлів]
ia64 (unofficial port)	3-7+b3	124.5 kB	904.0 kB	[список файлів]
loong64 (unofficial port)	3-7+b1	105.4 kB	687.0 kB	[список файлів]
m68k (unofficial port)	3-7+b3	109.9 kB	666.0 kB	[список файлів]
mips64el	3-7+b3	112.2 kB	880.0 kB	[список файлів]
ppc64 (unofficial port)	3-7+b3	115.9 kB	861.0 kB	[список файлів]
ppc64el	3-7+b3	114.6 kB	861.0 kB	[список файлів]
riscv64 (unofficial port)	3-7+b3	103.9 kB	623.0 kB	[список файлів]
s390x	3-7+b3	115.3 kB	701.0 kB	[список файлів]
sh4 (unofficial port)	3-7+b3	117.5 kB	732.0 kB	[список файлів]
sparc64 (unofficial port)	3-7+b3	99.6 kB	3,494.0 kB	[список файлів]
x32 (unofficial port)	3-7+b4	111.5 kB	650.0 kB	[список файлів]