Пакунок: parsnp (1.5.4+dfsg-1)

[ Source: parsnp  ]

rapid core genome multi-alignment

Parsnp was designed to align the core genome of hundreds to thousands of bacterial genomes within a few minutes to few hours. Input can be both draft assemblies and finished genomes, and output includes variant (SNP) calls, core genome phylogeny and multi-alignments. Parsnp leverages contextual information provided by multi-alignments surrounding SNP sites for filtration/cleaning, in addition to existing tools for recombination detection/filtration and phylogenetic reconstruction.

Інші пакунки пов'язані з parsnp

• dep: fasttree

  phylogenetic trees from alignments of nucleotide or protein sequences

• dep: harvest-tools

  archiving and postprocessing for reference-compressed genomic multi-alignments

• dep: libc6 (>= 2.27)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libgomp1 (>= 6)

  Підтримувальна бібліотека GCC OpenMP (GOMP)

• dep: libmuscle1 (>= 3.7+4565)

  multiple alignment library for protein sequences

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: mummer

  Efficient sequence alignment of full genomes

• dep: phipack

  PHI test and other tests of recombination

• dep: python3

  Інтерактивна обʼєктно-орієнтована мова високого рівня (типова версія „python3“)

• dep: python3-numpy

  Швидкі методи для роботи з числовими масивами для мови Python 3

• dep: raxml

  Randomized Axelerated Maximum Likelihood of phylogenetic trees

• rec: python3-dendropy

  DendroPy Phylogenetic Computing Library (Python 3)

Завантажити parsnp

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	185.2 kB	1,881.0 kB	[список файлів]
arm64	174.9 kB	1,837.0 kB	[список файлів]
armel	167.3 kB	1,836.0 kB	[список файлів]
armhf	164.4 kB	1,760.0 kB	[список файлів]
i386	188.3 kB	1,900.0 kB	[список файлів]
mips64el	185.0 kB	1,927.0 kB	[список файлів]
mipsel	187.4 kB	1,925.0 kB	[список файлів]
ppc64el	197.4 kB	1,945.0 kB	[список файлів]
s390x	169.9 kB	1,885.0 kB	[список файлів]