Пакунок: mummer (3.23+dfsg-7)

[ Source: mummer  ]

Efficient sequence alignment of full genomes

MUMmer is a system for rapidly aligning entire genomes, whether in complete or draft form. For example, MUMmer 3.0 can find all 20-basepair or longer exact matches between a pair of 5-megabase genomes in 13.7 seconds, using 78 MB of memory, on a 2.4 GHz Linux desktop computer. MUMmer can also align incomplete genomes; it handles the 100s or 1000s of contigs from a shotgun sequencing project with ease, and will align them to another set of contigs or a genome using the NUCmer program included with the system. If the species are too divergent for DNA sequence alignment to detect similarity, then the PROmer program can generate alignments based upon the six-frame translations of both input sequences.

Tags: Field: Biology, Bioinformatics, Implemented in: implemented-in::c++, interface::commandline, Role: Program, Scope: Utility, Purpose: use::comparing, works-with-format::TODO, Supports Format: Plain Text, Works with: Need an extra tag

Інші пакунки пов'язані з mummer

• dep: gawk

  GNU awk — мова розпізнавання та обробки шаблонів

• dep: libc6 (>= 2.29)

  Бібліотека GNU C: спільні бібліотеки
  also a virtual package provided by libc6-udeb

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [not armel, armhf]

  Допоміжна бібліотека GCC

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

• dep: libstdc++6 (>= 5.2)

  Стандартна бібліотека C++ GNU, версії 3

• dep: perl

  Мова Практичного Видобування та Побудування Звітів Лари Уолла (Larry Wall)

Завантажити mummer

Завантаження для всіх доступних архітектур

Архітектура	Розмір пакунка	Розмір після встановлення	Файли
amd64	648.7 kB	3,321.0 kB	[список файлів]
arm64	625.1 kB	3,153.0 kB	[список файлів]
armel	617.5 kB	3,092.0 kB	[список файлів]
armhf	614.6 kB	2,868.0 kB	[список файлів]
i386	654.1 kB	3,304.0 kB	[список файлів]
mips64el	655.4 kB	3,535.0 kB	[список файлів]
mipsel	652.7 kB	3,360.0 kB	[список файлів]
ppc64el	659.9 kB	4,086.0 kB	[список файлів]
s390x	628.2 kB	3,309.0 kB	[список файлів]