Paket: ska (1.0+dfsg-4)

[ Källkod: ska  ]

Split Kmer Analysis

SKA (Split Kmer Analysis) is a toolkit for prokaryotic (and any other small, haploid) DNA sequence analysis using split kmers. A split kmer is a pair of kmers in a DNA sequence that are separated by a single base. Split kmers allow rapid comparison and alignment of small genomes, and is particulalry suited for surveillance or outbreak investigation. SKA can produce split kmer files from fasta format assemblies or directly from fastq format read sequences, cluster them, align them with or without a reference sequence and provide various comparison and summary statistics. Currently all testing has been carried out on high-quality Illumina read data, so results for other platforms may vary.

Andra paket besläktade med ska

• dep: libc6 (>= 2.34) [ej alpha, ia64, sh4]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6-udeb

  dep: libc6 (>= 2.37) [sh4]

• dep: libc6.1 (>= 2.34) [alpha]

  GNU C-bibliotek: Delade bibliotek
  också ett virtuellt paket som tillhandahålls av libc6.1-udeb

  dep: libc6.1 (>= 2.37) [ia64]

• dep: libgcc-s1 (>= 3.0) [arm64, ppc64el, s390x]

  GCC stödbibliotek

  dep: libgcc-s1 (>= 3.4) [alpha, amd64, mips64el, ppc64, riscv64, sh4, sparc64, x32]

  dep: libgcc-s1 (>= 3.5) [armel, armhf]

  dep: libgcc-s1 (>= 4.2) [i386, ia64]

• dep: libgcc-s2 (>= 4.2.1) [m68k]

  GCC stödbibliotek

• dep: libgcc-s4 (>= 4.1.1) [hppa]

  GCC stödbibliotek

• dep: libstdc++6 (>= 13.1)

  GNU standardbibliotek v3 för C++

• dep: libunwind8 [ia64]

  library to determine the call-chain of a program - runtime

• dep: zlib1g (>= 1:1.1.4)

  Kompressionsbibliotek - körtidspaket

Hämta ska

Hämtningar för alla tillgängliga arkitekturer

Arkitektur	Paketstorlek	Installerad storlek	Filer
alpha (inofficiell anpassning)	133,7 kbyte	543,0 kbyte	[filförteckning]
amd64	143,9 kbyte	451,0 kbyte	[filförteckning]
arm64	121,9 kbyte	415,0 kbyte	[filförteckning]
armel	119,9 kbyte	394,0 kbyte	[filförteckning]
armhf	124,9 kbyte	314,0 kbyte	[filförteckning]
hppa (inofficiell anpassning)	138,9 kbyte	436,0 kbyte	[filförteckning]
i386	149,6 kbyte	482,0 kbyte	[filförteckning]
ia64 (inofficiell anpassning)	175,0 kbyte	846,0 kbyte	[filförteckning]
m68k (inofficiell anpassning)	117,8 kbyte	422,0 kbyte	[filförteckning]
mips64el	125,3 kbyte	514,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64 (inofficiell anpassning)	138,2 kbyte	545,0 kbyte	[filförteckning]
ppc64el	138,4 kbyte	543,0 kbyte	[filförteckning]
riscv64	140,4 kbyte	363,0 kbyte	[filförteckning]
s390x	142,4 kbyte	463,0 kbyte	[filförteckning]
sh4 (inofficiell anpassning)	148,8 kbyte	414,0 kbyte	[filförteckning]
sparc64 (inofficiell anpassning)	118,6 kbyte	1.122,0 kbyte	[filförteckning]
x32 (inofficiell anpassning)	138,5 kbyte	426,0 kbyte	[filförteckning]